Individual analysis results

Parameters	Input.values
Folder name :	Example data
Sequence name :	CDH1
Group :	Low methylated DNA
Experiment type :	Direct-BSP
Replicate number :	3
Date of sequencing #1 :	2022-05-02
Date of sequencing #2 :	2022-05-02
Date of analysis :	2022-05-18 12:53
Prefix of output files :	CDH1_Low methylated DNA_3

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information	Input values
Name	CDH1
Strand used for primer design	Plus strand
Length	341 pb
Coordinates on reference genome	chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
1	chr16	68770944	68770945	5	6
2	chr16	68770947	68770948	8	9
3	chr16	68770960	68770961	21	22
4	chr16	68770981	68770982	42	43
5	chr16	68771035	68771036	96	97
6	chr16	68771037	68771038	98	99
7	chr16	68771045	68771046	106	107
8	chr16	68771051	68771052	112	113
9	chr16	68771059	68771060	120	121
10	chr16	68771064	68771065	125	126
11	chr16	68771073	68771074	134	135
12	chr16	68771090	68771091	151	152
13	chr16	68771092	68771093	153	154
14	chr16	68771112	68771113	173	174
15	chr16	68771138	68771139	199	200
16	chr16	68771143	68771144	204	205
17	chr16	68771150	68771151	211	212
18	chr16	68771159	68771160	220	221
19	chr16	68771182	68771183	243	244
20	chr16	68771200	68771201	261	262
21	chr16	68771203	68771204	264	265
22	chr16	68771230	68771231	291	292
23	chr16	68771254	68771255	315	316
24	chr16	68771264	68771265	325	326
25	chr16	68771269	68771270	330	331
26	chr16	68771274	68771275	335	336
27	chr16	68771278	68771279	339	340

CG positions on minus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
27	chr16	68771278	68771279	2	3
26	chr16	68771274	68771275	6	7
25	chr16	68771269	68771270	11	12
24	chr16	68771264	68771265	16	17
23	chr16	68771254	68771255	26	27
22	chr16	68771230	68771231	50	51
21	chr16	68771203	68771204	77	78
20	chr16	68771200	68771201	80	81
19	chr16	68771182	68771183	98	99
18	chr16	68771159	68771160	121	122
17	chr16	68771150	68771151	130	131
16	chr16	68771143	68771144	137	138
15	chr16	68771138	68771139	142	143
14	chr16	68771112	68771113	168	169
13	chr16	68771092	68771093	188	189
12	chr16	68771090	68771091	190	191
11	chr16	68771073	68771074	207	208
10	chr16	68771064	68771065	216	217
9	chr16	68771059	68771060	221	222
8	chr16	68771051	68771052	229	230
7	chr16	68771045	68771046	235	236
6	chr16	68771037	68771038	243	244
5	chr16	68771035	68771036	245	246
4	chr16	68770981	68770982	299	300
3	chr16	68770960	68770961	320	321
2	chr16	68770947	68770948	333	334
1	chr16	68770944	68770945	336	337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the trimmed sequence :	30 bp
Minimum Phred quality score :	30
Minimum ratio of primary peak :	0.75
Minimum percentage of non-mixed positions :	75 %

Sequencing	Length	Start position	End position	Mean of Phred quality scores	Mean of primary peak ratio	Percentage of non-mixed positions	Trimmed sequence quality
#1	746	24	769	14.51	0.62	22.39	Incorrect
#2	205	9	213	45.29	0.93	90.24	Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1275 bp

## AATTTTAGCGTGGTGCAGTAGATGATATTGGAGTGTGAGTAGTTGTGAGTTTGCTCGACTGTGCCTGCTAAGAAGAAGGTTCNGCTTNGCGTCGGTCCGGANGATGTCTAGCNGCCTGTGTTACGACGTCCTCTTCGTCNTCATGACCGACTTTGTCATACTTGCCAACCGCGTGTAACTTTCTTTGCGTTGGCCGTCTCCCGGGATCCTCTACTCTCNTTCGCTCGGTTGTGTTTCGGTAGTTGTGACTGTGGGGAGGACGGATCCTTGCANGCTGAAGATTCTTGATNACTAGGAAAGCCTCGTTGATGACTANTAATTACTAACTCTATCCCCNTCACTATTAAATTACGGAGTTCACCCGCGACTTTCTGTCTAGGGTGTGAGCTAGATGAATTCATCAATGCAATGCGCGTGAGCTCCATAACATTAANAGNTCNCTNCGATTTGATAATGCTTCAAAGTTTTNTTCTNTTTTTACAATGAGTCCCTCTACCAANCAGCCACAGAATATAATTGCAGGTGACTATTTCGCAAGTGGAGGTCTCTGTCAGTGACCTATGATTACTTATAGATTTCTCCGCCNACTACGAACGGCCGTGCACCACCCTCTATATACTTATANAGAGCTGTCGGTCTGTCAATCCTTAATATNTTTGGGACGTGGTATGGTGCGCCGTGGTGCGACAAATCAGAGGGCAGTCTCAACTCCTGGTGATGGCGTTCCGTGCCTCTCCATTAAGTGTCAGGCTTGCGTCTATTATCCCCCATGAAGACAAGGAATATGCATTCTGCNGGAGTGCCGATGCAGGCATAAGACCGTTNCCCCTGATTCTTACTCGGCCTNATTCATGCTGATTACTANTACGGTATTAGAGCTCCATCGATCCCCGTGCTNTCNGTTCNTGATCCAGTAATCGATCNTGCCGTACNGGTTTTTCAAAAAGATACCGTCTGNAATTCATGATGTCCCNNGGATTTCGNGAATTCANNGCCTTCCNNAGTCCCNTAAANCNACCANNNGCCTCTATAACCTGANCACAAANNNCGCCNCCTNNCCCNATTNNCCCGGNGGGGAGCCCCCGGGGCCCGGTTTGAAAAACCCNATATTTGTTTNAAAAAAGAGANNGGGGGCCCCCCCGCCCCNACNNATATAAAAANNANNNTNCCCAAAACAAAGAGAAATAAGGNTGNNCANNCTANNNNNNNNATGCCGCCCCNCACCANNAANAGAATNNNNANNGANAANNCNNNNNNNCGGNGANGAGNNGGGGG

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	77	70	30	8	185	0.42	0.38	0.16	0.04	A	2	0.42
2	107	97	1	14	219	0.49	0.44	0.00	0.06	A	6	0.49
3	0	67	1	50	118	0.00	0.57	0.01	0.42	T	3	0.57
4	49	97	7	27	180	0.27	0.54	0.04	0.15	T	3	0.54
5	0	146	0	2	148	0.00	0.99	0.00	0.01	T	4	0.99
6	34	113	6	27	180	0.19	0.63	0.03	0.15	T	5	0.63
7	105	66	0	36	207	0.51	0.32	0.00	0.17	A	5	0.51
8	42	0	1448	15	1505	0.03	0.00	0.96	0.01	G	10	0.96
9	10	0	0	23	33	0.30	0.00	0.00	0.70	C	5	0.70
10	36	0	990	0	1026	0.04	0.00	0.96	0.00	G	20	0.96
11	6	110	0	0	116	0.05	0.95	0.00	0.00	T	4	0.95
12	0	0	8	0	8	0.00	0.00	1.00	0.00	G	4	1.00
13	0	0	5124	2	5126	0.00	0.00	1.00	0.00	G	4	1.00
14	11245	20622	0	38	31905	0.35	0.65	0.00	0.00	T	5	0.65
15	0	0	259	0	259	0.00	0.00	1.00	0.00	G	5	1.00
16	0	0	0	726	726	0.00	0.00	0.00	1.00	C	4	1.00
17	7090	0	0	686	7776	0.91	0.00	0.00	0.09	A	4	0.91
18	0	0	20550	0	20550	0.00	0.00	1.00	0.00	G	5	1.00
19	0	7783	0	0	7783	0.00	1.00	0.00	0.00	T	4	1.00
20	5705	0	0	0	5705	1.00	0.00	0.00	0.00	A	6	1.00
21	0	0	4706	0	4706	0.00	0.00	1.00	0.00	G	6	1.00
22	6302	0	0	574	6876	0.92	0.00	0.00	0.08	A	5	0.92
23	0	388	0	0	388	0.00	1.00	0.00	0.00	T	6	1.00
24	0	283	14573	0	14856	0.00	0.02	0.98	0.00	G	36	0.98
25	530	0	0	0	530	1.00	0.00	0.00	0.00	A	5	1.00
26	0	2986	0	208	3194	0.00	0.93	0.00	0.07	T	10	0.93
27	3194	0	634	128	3956	0.81	0.00	0.16	0.03	A	17	0.81
28	0	2366	0	0	2366	0.00	1.00	0.00	0.00	T	10	1.00
29	0	3394	0	340	3734	0.00	0.91	0.00	0.09	T	33	0.91
30	0	0	7605	567	8172	0.00	0.00	0.93	0.07	G	17	0.93
31	642	619	2218	0	3479	0.18	0.18	0.64	0.00	G	12	0.64
32	2274	0	0	168	2442	0.93	0.00	0.00	0.07	A	15	0.93
33	0	1403	2230	131	3764	0.00	0.37	0.59	0.03	G	13	0.59
34	406	1586	0	218	2210	0.18	0.72	0.00	0.10	T	12	0.72
35	604	0	3285	0	3889	0.16	0.00	0.84	0.00	G	16	0.84
36	0	818	0	261	1079	0.00	0.76	0.00	0.24	T	8	0.76
37	778	0	1382	338	2498	0.31	0.00	0.55	0.14	G	17	0.55
38	764	395	0	329	1488	0.51	0.27	0.00	0.22	A	9	0.51
39	0	0	1973	266	2239	0.00	0.00	0.88	0.12	G	25	0.88
40	417	652	0	0	1069	0.39	0.61	0.00	0.00	T	11	0.61
41	1196	0	493	11	1700	0.70	0.00	0.29	0.01	A	17	0.70
42	0	658	781	0	1439	0.00	0.46	0.54	0.00	G	11	0.54
43	0	950	0	282	1232	0.00	0.77	0.00	0.23	T	13	0.77
44	430	967	88	91	1576	0.27	0.61	0.06	0.06	T	15	0.61
45	3	336	2858	0	3197	0.00	0.11	0.89	0.00	G	47	0.89
46	295	420	0	219	934	0.32	0.45	0.00	0.23	T	10	0.45
47	164	303	1858	0	2325	0.07	0.13	0.80	0.00	G	14	0.80
48	716	0	0	318	1034	0.69	0.00	0.00	0.31	A	9	0.69
49	0	5	1562	427	1994	0.00	0.00	0.78	0.21	G	7	0.78
50	140	420	0	0	560	0.25	0.75	0.00	0.00	T	6	0.75
51	58	896	124	0	1078	0.05	0.83	0.12	0.00	T	8	0.83
52	355	446	3	401	1205	0.29	0.37	0.00	0.33	T	10	0.37
53	5	1	762	719	1487	0.00	0.00	0.51	0.48	G	11	0.51
54	229	6	238	685	1158	0.20	0.01	0.21	0.59	C	14	0.59
55	4	710	236	0	950	0.00	0.75	0.25	0.00	T	15	0.75
56	29	385	132	1033	1579	0.02	0.24	0.08	0.65	C	22	0.65
57	46	507	859	145	1557	0.03	0.33	0.55	0.09	G	19	0.55
58	511	315	492	41	1359	0.38	0.23	0.36	0.03	A	10	0.38
59	4	0	0	587	591	0.01	0.00	0.00	0.99	C	13	0.99
60	64	792	107	324	1287	0.05	0.62	0.08	0.25	T	17	0.62
61	204	0	2916	0	3120	0.07	0.00	0.93	0.00	G	50	0.93
62	110	553	92	228	983	0.11	0.56	0.09	0.23	T	10	0.56
63	0	0	1326	0	1326	0.00	0.00	1.00	0.00	G	21	1.00
64	121	0	0	549	670	0.18	0.00	0.00	0.82	C	9	0.82
65	28	358	203	792	1381	0.02	0.26	0.15	0.57	C	17	0.57
66	60	612	88	318	1078	0.06	0.57	0.08	0.29	T	13	0.57
67	6	517	633	300	1456	0.00	0.36	0.43	0.21	G	11	0.43
68	67	225	0	809	1101	0.06	0.20	0.00	0.73	C	23	0.73
69	0	547	415	0	962	0.00	0.57	0.43	0.00	T	12	0.57
70	1825	205	0	23	2053	0.89	0.10	0.00	0.01	A	43	0.89
71	1138	297	81	253	1769	0.64	0.17	0.05	0.14	A	34	0.64
72	238	0	550	97	885	0.27	0.00	0.62	0.11	G	13	0.62
73	502	1	257	231	991	0.51	0.00	0.26	0.23	A	10	0.51
74	544	1	84	111	740	0.74	0.00	0.11	0.15	A	13	0.74
75	0	151	167	17	335	0.00	0.45	0.50	0.05	G	8	0.50
76	499	236	174	3	912	0.55	0.26	0.19	0.00	A	10	0.55
77	352	0	152	266	770	0.46	0.00	0.20	0.35	A	11	0.46
78	6	275	358	6	645	0.01	0.43	0.56	0.01	G	10	0.56
79	440	0	543	0	983	0.45	0.00	0.55	0.00	G	13	0.55
80	0	398	29	342	769	0.00	0.52	0.04	0.44	T	10	0.52
81	183	401	0	0	584	0.31	0.69	0.00	0.00	T	10	0.69
82	0	373	103	429	905	0.00	0.41	0.11	0.47	C	8	0.47
83	401	400	107	374	1282	0.31	0.31	0.08	0.29	N	13	0.31
84	257	0	459	0	716	0.36	0.00	0.64	0.00	G	10	0.64
85	0	269	165	474	908	0.00	0.30	0.18	0.52	C	11	0.52
86	68	746	239	0	1053	0.06	0.71	0.23	0.00	T	23	0.71
87	3	516	0	443	962	0.00	0.54	0.00	0.46	T	19	0.54
88	413	123	419	202	1157	0.36	0.11	0.36	0.17	N	13	0.36
89	206	180	479	27	892	0.23	0.20	0.54	0.03	G	13	0.54
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391	0	3	343	146	492	0.00	0.01	0.70	0.30	G	18	0.70
392	294	163	0	6	463	0.63	0.35	0.00	0.01	A	16	0.63
393	158	239	151	0	548	0.29	0.44	0.28	0.00	T	23	0.44
394	16	73	311	201	601	0.03	0.12	0.52	0.33	G	24	0.52
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396	462	2	100	1	565	0.82	0.00	0.18	0.00	A	34	0.82
397	149	198	59	2	408	0.37	0.49	0.14	0.00	T	12	0.49
398	187	260	174	57	678	0.28	0.38	0.26	0.08	T	18	0.38
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519	91	0	285	220	596	0.15	0.00	0.48	0.37	G	15	0.48
520	0	42	79	304	425	0.00	0.10	0.19	0.72	C	13	0.72
521	276	14	0	141	431	0.64	0.03	0.00	0.33	A	10	0.64
522	48	15	264	196	523	0.09	0.03	0.50	0.37	G	11	0.50
523	30	241	266	0	537	0.06	0.45	0.50	0.00	G	10	0.50
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525	47	0	459	118	624	0.08	0.00	0.74	0.19	G	21	0.74
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527	45	157	169	214	585	0.08	0.27	0.29	0.37	C	11	0.37
528	4	248	0	184	436	0.01	0.57	0.00	0.42	T	12	0.57
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532	8	280	6	218	512	0.02	0.55	0.01	0.43	T	11	0.55
533	168	41	164	218	591	0.28	0.07	0.28	0.37	C	12	0.37
534	0	1	188	0	189	0.00	0.01	0.99	0.00	G	17	0.99
535	113	123	0	161	397	0.28	0.31	0.00	0.41	C	15	0.41
536	335	0	14	200	549	0.61	0.00	0.03	0.36	A	20	0.61
537	130	73	94	0	297	0.44	0.25	0.32	0.00	A	11	0.44
538	116	0	399	9	524	0.22	0.00	0.76	0.02	G	27	0.76
539	109	195	0	166	470	0.23	0.41	0.00	0.35	T	11	0.41
540	123	142	149	0	414	0.30	0.34	0.36	0.00	G	13	0.36
541	177	30	220	156	583	0.30	0.05	0.38	0.27	G	17	0.38
542	479	5	0	0	484	0.99	0.01	0.00	0.00	A	33	0.99
543	0	34	228	102	364	0.00	0.09	0.63	0.28	G	15	0.63
544	91	0	256	108	455	0.20	0.00	0.56	0.24	G	17	0.56
545	127	329	0	1	457	0.28	0.72	0.00	0.00	T	18	0.72
546	14	0	159	208	381	0.04	0.00	0.42	0.55	C	12	0.55
547	1	356	74	0	431	0.00	0.83	0.17	0.00	T	20	0.83
548	0	0	0	192	192	0.00	0.00	0.00	1.00	C	10	1.00
549	170	223	172	2	567	0.30	0.39	0.30	0.00	T	11	0.39
550	0	107	167	25	299	0.00	0.36	0.56	0.08	G	11	0.56
551	88	370	9	0	467	0.19	0.79	0.02	0.00	T	18	0.79
552	0	0	0	415	415	0.00	0.00	0.00	1.00	C	23	1.00
553	4	0	0	0	4	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
554	76	0	204	0	280	0.27	0.00	0.73	0.00	G	11	0.73
555	26	368	16	118	528	0.05	0.70	0.03	0.22	T	16	0.70
556	0	0	132	8	140	0.00	0.00	0.94	0.06	G	9	0.94
557	343	152	29	18	542	0.63	0.28	0.05	0.03	A	12	0.63
558	0	19	22	202	243	0.00	0.08	0.09	0.83	C	9	0.83
559	93	1	144	232	470	0.20	0.00	0.31	0.49	C	9	0.49
560	17	202	201	0	420	0.04	0.48	0.48	0.00	T	8	0.48
561	364	0	4	248	616	0.59	0.00	0.01	0.40	A	14	0.59
562	0	150	46	45	241	0.00	0.62	0.19	0.19	T	8	0.62
563	0	0	164	134	298	0.00	0.00	0.55	0.45	G	9	0.55
564	279	192	155	0	626	0.45	0.31	0.25	0.00	A	11	0.45
565	0	196	0	34	230	0.00	0.85	0.00	0.15	T	10	0.85
566	147	215	41	61	464	0.32	0.46	0.09	0.13	T	10	0.46
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569	149	201	5	0	355	0.42	0.57	0.01	0.00	T	10	0.57
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577	6	240	3	236	485	0.01	0.49	0.01	0.49	T	16	0.49
578	196	245	1	0	442	0.44	0.55	0.00	0.00	T	11	0.55
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580	62	176	43	0	281	0.22	0.63	0.15	0.00	T	8	0.63
581	0	225	40	258	523	0.00	0.43	0.08	0.49	C	13	0.49
582	176	0	0	316	492	0.36	0.00	0.00	0.64	C	13	0.64
583	0	96	140	0	236	0.00	0.41	0.59	0.00	G	8	0.59
584	69	25	201	241	536	0.13	0.05	0.38	0.45	C	10	0.45
585	88	0	0	219	307	0.29	0.00	0.00	0.71	C	9	0.71
586	150	132	213	55	550	0.27	0.24	0.39	0.10	N	7	0.39
587	121	0	0	0	121	1.00	0.00	0.00	0.00	A	7	1.00
588	13	0	217	258	488	0.03	0.00	0.44	0.53	C	9	0.53
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590	204	194	74	0	472	0.43	0.41	0.16	0.00	A	9	0.43
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593	284	18	192	1	495	0.57	0.04	0.39	0.00	A	12	0.57
594	258	18	52	1	329	0.78	0.05	0.16	0.00	A	13	0.78
595	0	11	0	245	256	0.00	0.04	0.00	0.96	C	14	0.96
596	0	0	227	119	346	0.00	0.00	0.66	0.34	G	16	0.66
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599	1	154	135	184	474	0.00	0.32	0.28	0.39	C	11	0.39
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605	0	147	144	152	443	0.00	0.33	0.33	0.34	C	10	0.34
606	60	107	0	241	408	0.15	0.26	0.00	0.59	C	14	0.59
607	218	0	2	153	373	0.58	0.00	0.01	0.41	A	16	0.58
608	0	140	30	164	334	0.00	0.42	0.09	0.49	C	10	0.49
609	62	26	123	197	408	0.15	0.06	0.30	0.48	C	8	0.48
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650	217	0	160	0	377	0.58	0.00	0.42	0.00	A	16	0.58
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655	161	146	194	125	626	0.26	0.23	0.31	0.20	N	10	0.31
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671	0	0	364	1	365	0.00	0.00	1.00	0.00	G	24	1.00
672	1	0	140	1	142	0.01	0.00	0.99	0.01	G	9	0.99
673	0	273	0	67	340	0.00	0.80	0.00	0.20	T	18	0.80
674	77	0	185	0	262	0.29	0.00	0.71	0.00	G	9	0.71
675	0	0	70	259	329	0.00	0.00	0.21	0.79	C	14	0.79
676	53	1	97	0	151	0.35	0.01	0.64	0.00	G	7	0.64
677	110	0	0	222	332	0.33	0.00	0.00	0.67	C	10	0.67
678	0	196	1	210	407	0.00	0.48	0.00	0.52	C	13	0.52
679	148	0	231	0	379	0.39	0.00	0.61	0.00	G	18	0.61
680	61	262	0	0	323	0.19	0.81	0.00	0.00	T	21	0.81
681	0	238	315	107	660	0.00	0.36	0.48	0.16	G	20	0.48
682	5	0	203	17	225	0.02	0.00	0.90	0.08	G	7	0.90
683	23	214	0	28	265	0.09	0.81	0.00	0.11	T	9	0.81
684	0	0	312	91	403	0.00	0.00	0.77	0.23	G	13	0.77
685	207	57	0	216	480	0.43	0.12	0.00	0.45	C	10	0.45
686	0	0	97	0	97	0.00	0.00	1.00	0.00	G	7	1.00
687	185	144	2	25	356	0.52	0.40	0.01	0.07	A	8	0.52
688	0	141	7	152	300	0.00	0.47	0.02	0.51	C	11	0.51
689	249	0	0	0	249	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
690	224	139	114	10	487	0.46	0.29	0.23	0.02	A	10	0.46
691	188	0	0	46	234	0.80	0.00	0.00	0.20	A	7	0.80
692	0	359	45	0	404	0.00	0.89	0.11	0.00	T	15	0.89
693	0	0	36	75	111	0.00	0.00	0.32	0.68	C	13	0.68
694	228	0	70	2	300	0.76	0.00	0.23	0.01	A	9	0.76
695	0	61	79	0	140	0.00	0.44	0.56	0.00	G	7	0.56
696	248	42	154	3	447	0.55	0.09	0.34	0.01	A	8	0.55
697	0	0	254	183	437	0.00	0.00	0.58	0.42	G	8	0.58
698	7	0	223	166	396	0.02	0.00	0.56	0.42	G	8	0.56
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700	93	0	0	230	323	0.29	0.00	0.00	0.71	C	11	0.71
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847	149	128	51	86	414	0.36	0.31	0.12	0.21	N	6	0.36
848	110	0	95	0	205	0.54	0.00	0.46	0.00	A	7	0.54
849	0	377	62	0	439	0.00	0.86	0.14	0.00	T	18	0.86
850	1	388	0	8	397	0.00	0.98	0.00	0.02	T	32	0.98
851	0	0	0	25	25	0.00	0.00	0.00	1.00	C	26	1.00
852	205	0	3	55	263	0.78	0.00	0.01	0.21	A	16	0.78
853	0	314	57	0	371	0.00	0.85	0.15	0.00	T	20	0.85
854	0	0	311	11	322	0.00	0.00	0.97	0.03	G	32	0.97
855	40	0	0	107	147	0.27	0.00	0.00	0.73	C	6	0.73
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991	148	18	73	123	362	0.41	0.05	0.20	0.34	A	6	0.41
992	125	42	56	121	344	0.36	0.12	0.16	0.35	N	13	0.36
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994	2	9	260	102	373	0.01	0.02	0.70	0.27	G	37	0.70
995	42	1	0	110	153	0.27	0.01	0.00	0.72	C	7	0.72
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998	11	177	57	167	412	0.03	0.43	0.14	0.41	T	10	0.43
999	24	125	45	156	350	0.07	0.36	0.13	0.45	C	6	0.45
1000	83	0	41	184	308	0.27	0.00	0.13	0.60	C	5	0.60
1001	98	89	100	95	382	0.26	0.23	0.26	0.25	N	4	0.26
1002	79	106	64	76	325	0.24	0.33	0.20	0.23	N	6	0.33
1003	129	0	107	37	273	0.47	0.00	0.39	0.14	A	21	0.47
1004	0	0	93	49	142	0.00	0.00	0.65	0.35	G	7	0.65
1005	0	142	83	65	290	0.00	0.49	0.29	0.22	T	8	0.49
1006	26	44	103	192	365	0.07	0.12	0.28	0.53	C	9	0.53
1007	2	0	132	163	297	0.01	0.00	0.44	0.55	C	5	0.55
1008	0	92	89	128	309	0.00	0.30	0.29	0.41	C	4	0.41
1009	97	87	112	101	397	0.24	0.22	0.28	0.25	N	5	0.28
1010	0	95	63	0	158	0.00	0.60	0.40	0.00	T	11	0.60
1011	96	0	0	68	164	0.59	0.00	0.00	0.41	A	10	0.59
1012	148	60	0	74	282	0.52	0.21	0.00	0.26	A	21	0.52
1013	152	0	0	48	200	0.76	0.00	0.00	0.24	A	12	0.76
1014	98	57	163	97	415	0.24	0.14	0.39	0.23	N	12	0.39
1015	0	54	68	108	230	0.00	0.23	0.30	0.47	C	15	0.47
1016	109	54	41	79	283	0.39	0.19	0.14	0.28	N	9	0.39
1017	120	92	0	0	212	0.57	0.43	0.00	0.00	A	6	0.57
1018	118	0	2	147	267	0.44	0.00	0.01	0.55	C	6	0.55
1019	85	14	42	136	277	0.31	0.05	0.15	0.49	C	9	0.49
1020	88	0	68	75	231	0.38	0.00	0.29	0.32	A	7	0.38
1021	118	62	58	45	283	0.42	0.22	0.20	0.16	N	13	0.42
1022	79	103	92	53	327	0.24	0.31	0.28	0.16	N	6	0.31
1023	67	87	68	106	328	0.20	0.27	0.21	0.32	N	6	0.32
1024	15	0	146	101	262	0.06	0.00	0.56	0.39	G	5	0.56
1025	1	0	116	147	264	0.00	0.00	0.44	0.56	C	9	0.56
1026	5	91	96	118	310	0.02	0.29	0.31	0.38	C	9	0.38
1027	7	161	33	148	349	0.02	0.46	0.09	0.42	T	14	0.46
1028	12	72	40	153	277	0.04	0.26	0.14	0.55	C	9	0.55
1029	0	60	44	0	104	0.00	0.58	0.42	0.00	T	6	0.58
1030	145	0	26	43	214	0.68	0.00	0.12	0.20	A	23	0.68
1031	0	115	47	1	163	0.00	0.71	0.29	0.01	T	18	0.71
1032	125	0	0	0	125	1.00	0.00	0.00	0.00	A	10	1.00
1033	193	25	45	69	332	0.58	0.08	0.14	0.21	A	18	0.58
1034	0	52	55	104	211	0.00	0.25	0.26	0.49	C	6	0.49
1035	0	49	19	151	219	0.00	0.22	0.09	0.69	C	9	0.69
1036	122	164	4	0	290	0.42	0.57	0.01	0.00	T	8	0.57
1037	0	0	160	0	160	0.00	0.00	1.00	0.00	G	16	1.00
1038	88	2	30	0	120	0.73	0.02	0.25	0.00	A	6	0.73
1039	93	66	41	117	317	0.29	0.21	0.13	0.37	N	5	0.37
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1041	107	0	0	0	107	1.00	0.00	0.00	0.00	A	8	1.00
1042	0	75	92	95	262	0.00	0.29	0.35	0.36	C	6	0.36
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1044	192	0	103	86	381	0.50	0.00	0.27	0.23	A	11	0.50
1045	139	43	18	59	259	0.54	0.17	0.07	0.23	A	9	0.54
1046	90	67	37	88	282	0.32	0.24	0.13	0.31	N	5	0.32
1047	64	107	29	116	316	0.20	0.34	0.09	0.37	N	8	0.37
1048	48	74	67	113	302	0.16	0.25	0.22	0.37	N	8	0.37
1049	31	23	86	111	251	0.12	0.09	0.34	0.44	C	14	0.44
1050	32	3	134	111	280	0.11	0.01	0.48	0.40	G	13	0.48
1051	60	3	56	94	213	0.28	0.01	0.26	0.44	C	8	0.44
1052	78	33	15	115	241	0.32	0.14	0.06	0.48	C	15	0.48
1053	75	41	37	123	276	0.27	0.15	0.13	0.45	N	12	0.45
1054	76	57	2	110	245	0.31	0.23	0.01	0.45	C	9	0.45
1055	0	0	40	78	118	0.00	0.00	0.34	0.66	C	11	0.66
1056	0	84	52	60	196	0.00	0.43	0.27	0.31	T	9	0.43
1057	79	83	61	86	309	0.26	0.27	0.20	0.28	N	12	0.28
1058	86	69	29	87	271	0.32	0.25	0.11	0.32	N	5	0.32
1059	28	0	0	135	163	0.17	0.00	0.00	0.83	C	5	0.83
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1061	78	72	1	111	262	0.30	0.27	0.00	0.42	C	5	0.42
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1063	66	0	53	47	166	0.40	0.00	0.32	0.28	A	6	0.40
1064	0	112	89	0	201	0.00	0.56	0.44	0.00	T	7	0.56
1065	78	125	0	38	241	0.32	0.52	0.00	0.16	T	9	0.52
1066	63	109	70	44	286	0.22	0.38	0.24	0.15	N	16	0.38
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1069	50	0	0	119	169	0.30	0.00	0.00	0.70	C	7	0.70
1070	30	6	65	108	209	0.14	0.03	0.31	0.52	C	3	0.52
1071	18	24	102	60	204	0.09	0.12	0.50	0.29	G	4	0.50
1072	12	43	126	59	240	0.05	0.18	0.52	0.25	G	3	0.52
1073	30	43	58	29	160	0.19	0.27	0.36	0.18	N	4	0.36
1074	70	43	75	6	194	0.36	0.22	0.39	0.03	G	5	0.39
1075	47	50	52	5	154	0.31	0.32	0.34	0.03	G	11	0.34
1076	0	38	80	9	127	0.00	0.30	0.63	0.07	G	16	0.63
1077	60	27	76	1	164	0.37	0.16	0.46	0.01	G	17	0.46
1078	76	39	54	14	183	0.42	0.21	0.30	0.08	A	10	0.42
1079	64	0	67	60	191	0.34	0.00	0.35	0.31	G	9	0.35
1080	58	11	2	88	159	0.36	0.07	0.01	0.55	C	19	0.55
1081	38	3	16	93	150	0.25	0.02	0.11	0.62	C	15	0.62
1082	59	4	2	75	140	0.42	0.03	0.01	0.54	C	6	0.54
1083	51	0	29	100	180	0.28	0.00	0.16	0.56	C	6	0.56
1084	27	4	60	77	168	0.16	0.02	0.36	0.46	C	11	0.46
1085	27	14	77	46	164	0.16	0.09	0.47	0.28	G	8	0.47
1086	41	0	59	0	100	0.41	0.00	0.59	0.00	G	4	0.59
1087	25	23	125	28	201	0.12	0.11	0.62	0.14	G	18	0.62
1088	48	0	92	36	176	0.27	0.00	0.52	0.20	G	5	0.52
1089	41	5	26	68	140	0.29	0.04	0.19	0.49	C	3	0.49
1090	2	17	36	115	170	0.01	0.10	0.21	0.68	C	5	0.68
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1092	1	75	115	87	278	0.00	0.27	0.41	0.31	G	3	0.41
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1094	1	106	98	22	227	0.00	0.47	0.43	0.10	T	4	0.47
1095	23	133	0	28	184	0.12	0.72	0.00	0.15	T	4	0.72
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1098	141	54	59	2	256	0.55	0.21	0.23	0.01	A	13	0.55
1099	158	16	41	2	217	0.73	0.07	0.19	0.01	A	32	0.73
1100	166	2	0	33	201	0.83	0.01	0.00	0.16	A	38	0.83
1101	128	18	20	47	213	0.60	0.08	0.09	0.22	A	10	0.60
1102	103	16	0	96	215	0.48	0.07	0.00	0.45	A	10	0.48
1103	67	53	14	86	220	0.30	0.24	0.06	0.39	C	4	0.39
1104	64	22	17	81	184	0.35	0.12	0.09	0.44	C	6	0.44
1105	0	48	20	69	137	0.00	0.35	0.15	0.50	C	4	0.50
1106	71	69	31	41	212	0.33	0.33	0.15	0.19	N	5	0.33
1107	55	0	46	11	112	0.49	0.00	0.41	0.10	A	6	0.49
1108	59	111	41	9	220	0.27	0.50	0.19	0.04	T	11	0.50
1109	3	0	2	3	8	0.38	0.00	0.25	0.38	A	26	0.38
1110	10	201	20	0	231	0.04	0.87	0.09	0.00	T	21	0.87
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1112	1	179	38	8	226	0.00	0.79	0.17	0.04	T	9	0.79
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1115	67	113	61	0	241	0.28	0.47	0.25	0.00	T	5	0.47
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1117	75	48	72	62	257	0.29	0.19	0.28	0.24	N	5	0.29
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1119	89	8	81	66	244	0.36	0.03	0.33	0.27	A	6	0.36
1120	129	0	37	12	178	0.72	0.00	0.21	0.07	A	10	0.72
1121	151	0	0	30	181	0.83	0.00	0.00	0.17	A	20	0.83
1122	119	0	99	28	246	0.48	0.00	0.40	0.11	A	9	0.48
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1124	86	1	92	42	221	0.39	0.00	0.42	0.19	G	5	0.42
1125	109	2	0	17	128	0.85	0.02	0.00	0.13	A	7	0.85
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1127	138	19	70	34	261	0.53	0.07	0.27	0.13	A	15	0.53
1128	118	33	79	51	281	0.42	0.12	0.28	0.18	N	7	0.42
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1130	73	0	157	37	267	0.27	0.00	0.59	0.14	G	4	0.59
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1133	7	54	167	75	303	0.02	0.18	0.55	0.25	G	7	0.55
1134	10	43	149	85	287	0.03	0.15	0.52	0.30	G	4	0.52
1135	1	43	90	117	251	0.00	0.17	0.36	0.47	C	5	0.47
1136	11	0	82	97	190	0.06	0.00	0.43	0.51	C	10	0.51
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1140	59	27	40	126	252	0.23	0.11	0.16	0.50	C	4	0.50
1141	36	19	75	122	252	0.14	0.08	0.30	0.48	C	12	0.48
1142	35	1	65	0	101	0.35	0.01	0.64	0.00	G	4	0.64
1143	84	8	51	150	293	0.29	0.03	0.17	0.51	C	4	0.51
1144	27	9	76	156	268	0.10	0.03	0.28	0.58	C	11	0.58
1145	8	13	85	172	278	0.03	0.05	0.31	0.62	C	7	0.62
1146	36	33	40	135	244	0.15	0.14	0.16	0.55	C	11	0.55
1147	85	37	38	84	244	0.35	0.15	0.16	0.34	N	5	0.35
1148	100	49	23	76	248	0.40	0.20	0.09	0.31	A	11	0.40
1149	78	39	23	97	237	0.33	0.16	0.10	0.41	C	9	0.41
1150	76	57	21	75	229	0.33	0.25	0.09	0.33	N	7	0.33
1151	120	64	44	58	286	0.42	0.22	0.15	0.20	N	9	0.42
1152	118	80	3	82	283	0.42	0.28	0.01	0.29	A	5	0.42
1153	0	63	28	24	115	0.00	0.55	0.24	0.21	T	6	0.55
1154	154	67	2	16	239	0.64	0.28	0.01	0.07	A	16	0.64
1155	0	46	11	9	66	0.00	0.70	0.17	0.14	T	5	0.70
1156	155	38	25	2	220	0.70	0.17	0.11	0.01	A	21	0.70
1157	144	11	48	9	212	0.68	0.05	0.23	0.04	A	2	0.68
1158	133	0	19	13	165	0.81	0.00	0.12	0.08	A	1	0.81
1159	124	0	32	1	157	0.79	0.00	0.20	0.01	A	2	0.79
1160	128	11	33	20	192	0.67	0.06	0.17	0.10	A	5	0.67
1161	108	37	46	31	222	0.49	0.17	0.21	0.14	N	11	0.49
1162	113	35	33	52	233	0.48	0.15	0.14	0.22	N	4	0.48
1163	77	44	63	2	186	0.41	0.24	0.34	0.01	A	4	0.41
1164	66	49	21	21	157	0.42	0.31	0.13	0.13	N	12	0.42
1165	52	38	30	48	168	0.31	0.23	0.18	0.29	N	5	0.31
1166	35	31	78	68	212	0.17	0.15	0.37	0.32	N	4	0.37
1167	0	24	0	0	24	0.00	1.00	0.00	0.00	T	7	1.00
1168	26	24	50	79	179	0.15	0.13	0.28	0.44	N	3	0.44
1169	72	18	62	109	261	0.28	0.07	0.24	0.42	C	18	0.42
1170	70	5	55	77	207	0.34	0.02	0.27	0.37	C	4	0.37
1171	44	3	0	57	104	0.42	0.03	0.00	0.55	C	7	0.55
1172	83	7	51	38	179	0.46	0.04	0.28	0.21	A	5	0.46
1173	152	22	47	36	257	0.59	0.09	0.18	0.14	A	3	0.59
1174	169	4	31	53	257	0.66	0.02	0.12	0.21	A	2	0.66
1175	144	0	0	19	163	0.88	0.00	0.00	0.12	A	2	0.88
1176	0	4	25	37	66	0.00	0.06	0.38	0.56	C	3	0.56
1177	133	2	35	28	198	0.67	0.01	0.18	0.14	A	4	0.67
1178	172	21	26	26	245	0.70	0.09	0.11	0.11	A	14	0.70
1179	109	25	34	35	203	0.54	0.12	0.17	0.17	A	5	0.54
1180	84	13	85	47	229	0.37	0.06	0.37	0.21	G	5	0.37
1181	95	7	51	44	197	0.48	0.04	0.26	0.22	A	4	0.48
1182	79	11	85	39	214	0.37	0.05	0.40	0.18	G	3	0.40
1183	116	11	50	16	193	0.60	0.06	0.26	0.08	A	3	0.60
1184	134	10	67	15	226	0.59	0.04	0.30	0.07	A	15	0.59
1185	155	15	79	0	249	0.62	0.06	0.32	0.00	A	6	0.62
1186	0	6	0	3	9	0.00	0.67	0.00	0.33	T	8	0.67
1187	146	2	64	42	254	0.57	0.01	0.25	0.17	A	9	0.57
1188	134	0	108	34	276	0.49	0.00	0.39	0.12	A	4	0.49
1189	80	1	85	71	237	0.34	0.00	0.36	0.30	G	1	0.36
1190	51	14	74	60	199	0.26	0.07	0.37	0.30	G	5	0.37
1191	50	26	58	84	218	0.23	0.12	0.27	0.39	N	7	0.39
1192	0	26	0	0	26	0.00	1.00	0.00	0.00	T	4	1.00
1193	43	0	117	82	242	0.18	0.00	0.48	0.34	G	3	0.48
1194	27	30	83	63	203	0.13	0.15	0.41	0.31	N	1	0.41
1195	73	35	102	69	279	0.26	0.13	0.37	0.25	N	1	0.37
1196	0	0	74	85	159	0.00	0.00	0.47	0.53	C	2	0.53
1197	83	17	49	68	217	0.38	0.08	0.23	0.31	A	4	0.38
1198	71	32	63	93	259	0.27	0.12	0.24	0.36	N	3	0.36
1199	92	49	32	81	254	0.36	0.19	0.13	0.32	N	1	0.36
1200	0	0	0	81	81	0.00	0.00	0.00	1.00	C	5	1.00
1201	0	59	35	0	94	0.00	0.63	0.37	0.00	T	5	0.63
1202	86	54	21	68	229	0.38	0.24	0.09	0.30	A	10	0.38
1203	84	70	40	45	239	0.35	0.29	0.17	0.19	N	10	0.35
1204	55	61	27	42	185	0.30	0.33	0.15	0.23	N	11	0.33
1205	39	68	75	60	242	0.16	0.28	0.31	0.25	N	8	0.31
1206	65	59	67	49	240	0.27	0.25	0.28	0.20	N	7	0.28
1207	67	22	84	79	252	0.27	0.09	0.33	0.31	N	8	0.33
1208	78	41	26	71	216	0.36	0.19	0.12	0.33	N	13	0.36
1209	68	26	36	76	206	0.33	0.13	0.17	0.37	N	6	0.37
1210	80	25	40	82	227	0.35	0.11	0.18	0.36	N	15	0.36
1211	56	18	31	0	105	0.53	0.17	0.30	0.00	A	3	0.53
1212	117	310	0	181	608	0.19	0.51	0.00	0.30	T	4	0.51
1213	0	16	580	119	715	0.00	0.02	0.81	0.17	G	6	0.81
1214	17	21	108	131	277	0.06	0.08	0.39	0.47	C	3	0.47
1215	1	8	109	153	271	0.00	0.03	0.40	0.56	C	2	0.56
1216	50	22	107	103	282	0.18	0.08	0.38	0.37	G	2	0.38
1217	62	0	71	106	239	0.26	0.00	0.30	0.44	C	5	0.44
1218	70	0	0	95	165	0.42	0.00	0.00	0.58	C	4	0.58
1219	85	0	115	138	338	0.25	0.00	0.34	0.41	C	6	0.41
1220	90	11	41	149	291	0.31	0.04	0.14	0.51	C	3	0.51
1221	83	26	51	96	256	0.32	0.10	0.20	0.38	N	2	0.38
1222	91	15	46	110	262	0.35	0.06	0.18	0.42	C	2	0.42
1223	100	33	0	91	224	0.45	0.15	0.00	0.41	A	6	0.45
1224	91	15	69	101	276	0.33	0.05	0.25	0.37	C	4	0.37
1225	70	20	68	97	255	0.27	0.08	0.27	0.38	C	3	0.38
1226	92	20	84	87	283	0.33	0.07	0.30	0.31	A	2	0.33
1227	64	27	54	87	232	0.28	0.12	0.23	0.38	N	2	0.38
1228	93	34	57	98	282	0.33	0.12	0.20	0.35	N	3	0.35
1229	124	7	16	75	222	0.56	0.03	0.07	0.34	A	3	0.56
1230	123	5	59	61	248	0.50	0.02	0.24	0.25	A	3	0.50
1231	109	58	53	77	297	0.37	0.20	0.18	0.26	N	1	0.37
1232	109	107	44	12	272	0.40	0.39	0.16	0.04	A	1	0.40
1233	0	0	50	0	50	0.00	0.00	1.00	0.00	G	3	1.00
1234	101	97	33	0	231	0.44	0.42	0.14	0.00	A	4	0.44
1235	91	91	57	21	260	0.35	0.35	0.22	0.08	A	4	0.35
1236	71	90	73	11	245	0.29	0.37	0.30	0.04	T	1	0.37
1237	88	80	110	63	341	0.26	0.23	0.32	0.18	N	6	0.32
1238	75	55	92	53	275	0.27	0.20	0.33	0.19	N	5	0.33
1239	97	45	68	45	255	0.38	0.18	0.27	0.18	N	9	0.38
1240	94	43	51	67	255	0.37	0.17	0.20	0.26	N	6	0.37
1241	101	23	28	74	226	0.45	0.10	0.12	0.33	A	8	0.45
1242	84	59	25	82	250	0.34	0.24	0.10	0.33	N	4	0.34
1243	86	83	46	42	257	0.33	0.32	0.18	0.16	N	5	0.33
1244	65	70	76	17	228	0.29	0.31	0.33	0.07	G	4	0.33
1245	92	75	18	32	217	0.42	0.35	0.08	0.15	A	9	0.42
1246	88	46	23	24	181	0.49	0.25	0.13	0.13	N	14	0.49
1247	113	57	1	25	196	0.58	0.29	0.01	0.13	A	8	0.58
1248	105	67	17	0	189	0.56	0.35	0.09	0.00	A	13	0.56
1249	115	59	48	53	275	0.42	0.21	0.17	0.19	N	15	0.42
1250	115	82	54	65	316	0.36	0.26	0.17	0.21	N	4	0.36
1251	68	0	8	74	150	0.45	0.00	0.05	0.49	C	9	0.49
1252	62	91	23	75	251	0.25	0.36	0.09	0.30	N	3	0.36
1253	92	98	57	49	296	0.31	0.33	0.19	0.17	N	2	0.33
1254	83	79	30	47	239	0.35	0.33	0.13	0.20	N	1	0.35
1255	74	73	81	48	276	0.27	0.26	0.29	0.17	N	3	0.29
1256	92	66	53	53	264	0.35	0.25	0.20	0.20	N	4	0.35
1257	78	48	51	25	202	0.39	0.24	0.25	0.12	N	11	0.39
1258	83	61	74	53	271	0.31	0.23	0.27	0.20	N	4	0.31
1259	0	39	0	39	78	0.00	0.50	0.00	0.50	C	6	0.50
1260	48	49	93	0	190	0.25	0.26	0.49	0.00	G	5	0.49
1261	46	0	116	27	189	0.24	0.00	0.61	0.14	G	6	0.61
1262	58	53	98	47	256	0.23	0.21	0.38	0.18	N	12	0.38
1263	63	51	84	14	212	0.30	0.24	0.40	0.07	G	4	0.40
1264	94	39	84	13	230	0.41	0.17	0.37	0.06	A	4	0.41
1265	60	38	94	28	220	0.27	0.17	0.43	0.13	N	4	0.43
1266	49	0	67	41	157	0.31	0.00	0.43	0.26	G	4	0.43
1267	80	55	61	8	204	0.39	0.27	0.30	0.04	A	4	0.39
1268	48	63	86	11	208	0.23	0.30	0.41	0.05	G	11	0.41
1269	58	67	59	29	213	0.27	0.31	0.28	0.14	N	6	0.31
1270	48	46	141	53	288	0.17	0.16	0.49	0.18	N	4	0.49
1271	22	47	93	58	220	0.10	0.21	0.42	0.26	G	9	0.42
1272	50	14	168	54	286	0.17	0.05	0.59	0.19	G	14	0.59
1273	31	12	169	58	270	0.11	0.04	0.63	0.21	G	1	0.63
1274	21	16	159	65	261	0.08	0.06	0.61	0.25	G	1	0.61
1275	0	0	137	0	137	0.00	0.00	1.00	0.00	G	2	1.00

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1275 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	12.65

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	745 bp
Trimmed sequence start position :	24
Trimmed sequence end position :	769
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	14.48

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1275 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.61
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	22.2 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	901 bp
Trimmed sequence start position :	10
Trimmed sequence end position :	910
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.64
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	26.42 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information	Values
Length :	746 bp
Start position :	24
End position :	769
Mean of Phred quality scores :	14.51
Mean of primary peak ratio :	0.62
Percentage of non-mixed positions :	22.39 %

Chromatogram

Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 229 bp

## CAATTAAATTCCTATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACAACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAT

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	0	1	0	1811	1812	0.00	0.00	0.00	1.00	C	6	1.00
2	3218	618	0	1868	5704	0.56	0.11	0.00	0.33	A	8	0.56
3	2411	1060	0	938	4409	0.55	0.24	0.00	0.21	A	11	0.55
4	0	1182	0	0	1182	0.00	1.00	0.00	0.00	T	11	1.00
5	0	1866	0	0	1866	0.00	1.00	0.00	0.00	T	10	1.00
6	2705	1568	0	4	4277	0.63	0.37	0.00	0.00	A	3	0.63
7	2804	0	0	792	3596	0.78	0.00	0.00	0.22	A	11	0.78
8	2438	0	0	0	2438	1.00	0.00	0.00	0.00	A	30	1.00
9	2	1323	0	0	1325	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
10	0	1979	0	2	1981	0.00	1.00	0.00	0.00	T	53	1.00
11	0	2	0	1935	1937	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
12	0	0	0	1586	1586	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
13	0	1	0	0	1	0.00	1.00	0.00	0.00	T	35	1.00
14	1557	0	0	0	1557	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
15	0	699	0	141	840	0.00	0.83	0.00	0.17	T	19	0.83
16	1717	0	0	0	1717	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
17	1052	0	0	0	1052	1.00	0.00	0.00	0.00	A	55	1.00
18	0	0	0	1632	1632	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
19	0	0	0	1542	1542	0.00	0.00	0.00	1.00	C	61	1.00
20	0	0	0	1154	1154	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
21	0	1313	0	0	1313	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
22	8	0	0	1580	1588	0.01	0.00	0.00	0.99	C	46	0.99
23	0	729	0	0	729	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
24	1863	0	0	0	1863	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
25	1582	0	0	1	1583	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
26	0	0	0	962	962	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
27	0	1	0	1132	1133	0.00	0.00	0.00	1.00	C	57	1.00
28	0	816	0	1	817	0.00	1.00	0.00	0.00	T	57	1.00
29	1951	0	0	0	1951	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
30	664	357	0	0	1021	0.65	0.35	0.00	0.00	A	12	0.65
31	1319	0	0	0	1319	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
32	740	0	0	202	942	0.79	0.00	0.00	0.21	A	13	0.79
33	0	1168	0	0	1168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	25	1.00
34	3	1858	0	0	1861	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
35	1971	2	0	1	1974	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
36	0	1	0	1152	1153	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
37	2	843	0	223	1068	0.00	0.79	0.00	0.21	T	34	0.79
38	1491	792	0	0	2283	0.65	0.35	0.00	0.00	A	25	0.65
39	1454	0	0	2	1456	1.00	0.00	0.00	0.00	A	36	1.00
40	789	0	0	0	789	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
41	0	0	0	1193	1193	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
42	164	0	0	844	1008	0.16	0.00	0.00	0.84	C	51	0.84
43	0	0	0	1707	1707	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
44	0	1196	0	286	1482	0.00	0.81	0.00	0.19	T	32	0.81
45	39	1623	0	0	1662	0.02	0.98	0.00	0.00	T	41	0.98
46	128	1183	0	0	1311	0.10	0.90	0.00	0.00	T	28	0.90
47	1643	0	0	0	1643	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
48	0	140	1090	0	1230	0.00	0.11	0.89	0.00	G	25	0.89
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51	1174	0	0	267	1441	0.81	0.00	0.00	0.19	A	25	0.81
52	2	0	1014	428	1444	0.00	0.00	0.70	0.30	G	26	0.70
53	0	0	1397	388	1785	0.00	0.00	0.78	0.22	G	36	0.78
54	0	6	890	297	1193	0.00	0.01	0.75	0.25	G	28	0.75
55	0	1169	1	0	1170	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
56	0	1168	0	0	1168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
57	1213	4	0	0	1217	1.00	0.00	0.00	0.00	A	35	1.00
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63	404	0	0	294	698	0.58	0.00	0.00	0.42	A	5	0.58
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145	20	175	0	406	601	0.03	0.29	0.00	0.68	C	34	0.68
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147	757	52	0	0	809	0.94	0.06	0.00	0.00	A	58	0.94
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157	0	0	0	837	837	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
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165	0	0	0	489	489	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
166	0	3	0	744	747	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
167	0	478	0	162	640	0.00	0.75	0.00	0.25	T	34	0.75
168	2	16	0	744	762	0.00	0.02	0.00	0.98	C	31	0.98
169	381	0	0	223	604	0.63	0.00	0.00	0.37	A	25	0.63
170	28	0	0	455	483	0.06	0.00	0.00	0.94	C	34	0.94
171	457	144	0	0	601	0.76	0.24	0.00	0.00	A	34	0.76
172	37	470	0	0	507	0.07	0.93	0.00	0.00	T	58	0.93
173	678	169	0	0	847	0.80	0.20	0.00	0.00	A	34	0.80
174	621	0	0	0	621	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
175	281	0	0	0	281	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
176	53	0	0	503	556	0.10	0.00	0.00	0.90	C	51	0.90
177	384	0	0	175	559	0.69	0.00	0.00	0.31	A	34	0.69
178	17	0	0	505	522	0.03	0.00	0.00	0.97	C	58	0.97
179	417	0	0	0	417	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
180	530	0	0	0	530	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
181	54	392	0	0	446	0.12	0.88	0.00	0.00	T	58	0.88
182	797	227	0	0	1024	0.78	0.22	0.00	0.00	A	34	0.78
183	532	0	0	113	645	0.82	0.00	0.00	0.18	A	34	0.82
184	5	0	0	654	659	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
185	0	0	0	818	818	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
186	0	6	0	714	720	0.00	0.01	0.00	0.99	C	34	0.99
187	0	535	0	101	636	0.00	0.84	0.00	0.16	T	34	0.84
188	0	246	0	710	956	0.00	0.26	0.00	0.74	C	34	0.74
189	0	391	0	91	482	0.00	0.81	0.00	0.19	T	34	0.81
190	741	18	0	0	759	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
191	609	0	0	0	609	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
192	7	0	0	555	562	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
193	0	7	0	670	677	0.00	0.01	0.00	0.99	C	34	0.99
194	9	365	0	14	388	0.02	0.94	0.00	0.04	T	58	0.94
195	717	1	0	0	718	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
196	609	0	0	0	609	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
197	593	0	0	0	593	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
198	601	180	0	0	781	0.77	0.23	0.00	0.00	A	34	0.77
199	9	545	0	0	554	0.02	0.98	0.00	0.00	T	58	0.98
200	7	745	0	0	752	0.01	0.99	0.00	0.00	T	58	0.99
201	688	301	0	0	989	0.70	0.30	0.00	0.00	A	34	0.70
202	40	6	0	520	566	0.07	0.01	0.00	0.92	C	34	0.92
203	26	353	0	15	394	0.07	0.90	0.00	0.04	T	58	0.90
204	746	0	0	0	746	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
205	605	0	0	0	605	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
206	495	0	0	125	620	0.80	0.00	0.00	0.20	A	34	0.80
207	0	0	0	596	596	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
208	0	0	0	771	771	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
209	0	161	0	710	871	0.00	0.18	0.00	0.82	C	34	0.82
210	0	599	0	10	609	0.00	0.98	0.00	0.02	T	58	0.98
211	0	852	0	0	852	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
212	16	649	0	0	665	0.02	0.98	0.00	0.00	T	50	0.98
213	626	284	0	0	910	0.69	0.31	0.00	0.00	A	33	0.69
214	302	30	504	0	836	0.36	0.04	0.60	0.00	G	19	0.60
215	0	341	162	12	515	0.00	0.66	0.31	0.02	T	26	0.66
216	15	2	314	0	331	0.05	0.01	0.95	0.00	G	45	0.95
217	501	0	366	0	867	0.58	0.00	0.42	0.00	A	19	0.58
218	21	0	562	0	583	0.04	0.00	0.96	0.00	G	26	0.96
219	0	0	695	0	695	0.00	0.00	1.00	0.00	G	30	1.00
220	0	111	526	0	637	0.00	0.17	0.83	0.00	G	30	0.83
221	0	561	116	0	677	0.00	0.83	0.17	0.00	T	30	0.83
222	115	613	0	0	728	0.16	0.84	0.00	0.00	T	30	0.84
223	443	0	0	0	443	1.00	0.00	0.00	0.00	A	30	1.00
224	424	0	0	0	424	1.00	0.00	0.00	0.00	A	33	1.00
225	0	857	0	0	857	0.00	1.00	0.00	0.00	T	35	1.00
226	256	1854	0	0	2110	0.12	0.88	0.00	0.00	T	35	0.88
227	1927	281	0	0	2208	0.87	0.13	0.00	0.00	A	22	0.87
228	555	25	0	0	580	0.96	0.04	0.00	0.00	A	17	0.96
229	0	22	0	0	22	0.00	1.00	0.00	0.00	T	15	1.00

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	229 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	42.87

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	204 bp
Trimmed sequence start position :	9
Trimmed sequence end position :	213
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	45.26

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	229 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.92
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	88.65 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	223 bp
Trimmed sequence start position :	7
Trimmed sequence end position :	229
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.92
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	89.69 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Final trimmed sequence information	Values
Length :	205 bp
Start position :	9
End position :	213
Mean of Phred quality scores :	45.29
Mean of primary peak ratio :	0.93
Percentage of non-mixed positions :	90.24 %

Sequence of primary peaks:

## TTCCTATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACAACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTA

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
9	2	1323	0	0	1325	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
10	0	1979	0	2	1981	0.00	1.00	0.00	0.00	T	53	1.00
11	0	2	0	1935	1937	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
12	0	0	0	1586	1586	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
13	0	1	0	0	1	0.00	1.00	0.00	0.00	T	35	1.00
14	1557	0	0	0	1557	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
15	0	699	0	141	840	0.00	0.83	0.00	0.17	T	19	0.83
16	1717	0	0	0	1717	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
17	1052	0	0	0	1052	1.00	0.00	0.00	0.00	A	55	1.00
18	0	0	0	1632	1632	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
19	0	0	0	1542	1542	0.00	0.00	0.00	1.00	C	61	1.00
20	0	0	0	1154	1154	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
21	0	1313	0	0	1313	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
22	8	0	0	1580	1588	0.01	0.00	0.00	0.99	C	46	0.99
23	0	729	0	0	729	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
24	1863	0	0	0	1863	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
25	1582	0	0	1	1583	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
26	0	0	0	962	962	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
27	0	1	0	1132	1133	0.00	0.00	0.00	1.00	C	57	1.00
28	0	816	0	1	817	0.00	1.00	0.00	0.00	T	57	1.00
29	1951	0	0	0	1951	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
30	664	357	0	0	1021	0.65	0.35	0.00	0.00	A	12	0.65
31	1319	0	0	0	1319	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
32	740	0	0	202	942	0.79	0.00	0.00	0.21	A	13	0.79
33	0	1168	0	0	1168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	25	1.00
34	3	1858	0	0	1861	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
35	1971	2	0	1	1974	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
36	0	1	0	1152	1153	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
37	2	843	0	223	1068	0.00	0.79	0.00	0.21	T	34	0.79
38	1491	792	0	0	2283	0.65	0.35	0.00	0.00	A	25	0.65
39	1454	0	0	2	1456	1.00	0.00	0.00	0.00	A	36	1.00
40	789	0	0	0	789	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
41	0	0	0	1193	1193	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
42	164	0	0	844	1008	0.16	0.00	0.00	0.84	C	51	0.84
43	0	0	0	1707	1707	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
44	0	1196	0	286	1482	0.00	0.81	0.00	0.19	T	32	0.81
45	39	1623	0	0	1662	0.02	0.98	0.00	0.00	T	41	0.98
46	128	1183	0	0	1311	0.10	0.90	0.00	0.00	T	28	0.90
47	1643	0	0	0	1643	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
48	0	140	1090	0	1230	0.00	0.11	0.89	0.00	G	25	0.89
49	161	795	0	0	956	0.17	0.83	0.00	0.00	T	32	0.83
50	0	2	768	0	770	0.00	0.00	1.00	0.00	G	36	1.00
51	1174	0	0	267	1441	0.81	0.00	0.00	0.19	A	25	0.81
52	2	0	1014	428	1444	0.00	0.00	0.70	0.30	G	26	0.70
53	0	0	1397	388	1785	0.00	0.00	0.78	0.22	G	36	0.78
54	0	6	890	297	1193	0.00	0.01	0.75	0.25	G	28	0.75
55	0	1169	1	0	1170	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
56	0	1168	0	0	1168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
57	1213	4	0	0	1217	1.00	0.00	0.00	0.00	A	35	1.00
58	1054	0	0	0	1054	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
59	142	1551	0	0	1693	0.08	0.92	0.00	0.00	T	22	0.92
60	0	4242	0	414	4656	0.00	0.91	0.00	0.09	T	30	0.91
61	4850	10	0	0	4860	1.00	0.00	0.00	0.00	A	30	1.00
62	0	0	0	424	424	0.00	0.00	0.00	1.00	C	14	1.00
63	404	0	0	294	698	0.58	0.00	0.00	0.42	A	5	0.58
64	197	0	0	0	197	1.00	0.00	0.00	0.00	A	10	1.00
65	0	0	0	552	552	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
66	0	0	0	791	791	0.00	0.00	0.00	1.00	C	57	1.00
67	0	0	0	789	789	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
68	0	0	0	821	821	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
69	0	0	0	771	771	0.00	0.00	0.00	1.00	C	61	1.00
70	1	0	0	658	659	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
71	329	0	0	0	329	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
72	6	398	0	3	407	0.01	0.98	0.00	0.01	T	58	0.98
73	621	0	0	0	621	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
74	0	0	0	713	713	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
75	0	0	0	737	737	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
76	346	0	0	0	346	1.00	0.00	0.00	0.00	A	46	1.00
77	0	31	0	306	337	0.00	0.09	0.00	0.91	C	46	0.91
78	2	473	0	0	475	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
79	676	323	0	0	999	0.68	0.32	0.00	0.00	A	34	0.68
80	535	14	0	0	549	0.97	0.03	0.00	0.00	A	34	0.97
81	0	506	0	0	506	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
82	2	732	0	0	734	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
83	636	367	0	0	1003	0.63	0.37	0.00	0.00	A	25	0.63
84	546	0	0	1	547	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
85	0	0	0	378	378	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
86	2	447	0	3	452	0.00	0.99	0.00	0.01	T	51	0.99
87	635	259	0	0	894	0.71	0.29	0.00	0.00	A	32	0.71
88	627	0	0	0	627	1.00	0.00	0.00	0.00	A	46	1.00
89	322	1	0	0	323	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
90	383	0	0	0	383	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
91	607	0	0	0	607	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
92	0	526	0	0	526	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
93	0	767	0	3	770	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
94	0	245	0	568	813	0.00	0.30	0.00	0.70	C	32	0.70
95	330	0	0	62	392	0.84	0.00	0.00	0.16	A	25	0.84
96	0	0	0	510	510	0.00	0.00	0.00	1.00	C	36	1.00
97	0	162	0	636	798	0.00	0.20	0.00	0.80	C	32	0.80
98	0	471	0	106	577	0.00	0.82	0.00	0.18	T	32	0.82
99	699	258	0	2	959	0.73	0.27	0.00	0.00	A	34	0.73
100	142	0	0	500	642	0.22	0.00	0.00	0.78	C	34	0.78
101	2	0	0	572	574	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
102	465	0	0	2	467	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
103	258	0	2	2	262	0.98	0.00	0.01	0.01	A	58	0.98
104	4	0	0	304	308	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
105	0	0	0	641	641	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
106	252	0	0	144	396	0.64	0.00	0.00	0.36	A	25	0.64
107	36	0	0	468	504	0.07	0.00	0.00	0.93	C	34	0.93
108	288	0	0	69	357	0.81	0.00	0.00	0.19	A	34	0.81
109	562	0	0	0	562	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
110	19	0	0	255	274	0.07	0.00	0.00	0.93	C	58	0.93
111	2	0	0	346	348	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
112	470	121	0	0	591	0.80	0.20	0.00	0.00	A	34	0.80
113	588	4	0	0	592	0.99	0.01	0.00	0.00	A	34	0.99
114	14	394	0	0	408	0.03	0.97	0.00	0.00	T	51	0.97
115	0	116	0	631	747	0.00	0.16	0.00	0.84	C	32	0.84
116	469	0	0	153	622	0.75	0.00	0.00	0.25	A	34	0.75
117	518	0	0	0	518	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
118	52	0	0	349	401	0.13	0.00	0.00	0.87	C	58	0.87
119	513	0	0	1	514	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
120	551	0	0	0	551	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
121	38	0	0	467	505	0.08	0.00	0.00	0.92	C	51	0.92
122	422	0	0	177	599	0.70	0.00	0.00	0.30	A	34	0.70
123	13	0	0	304	317	0.04	0.00	0.00	0.96	C	58	0.96
124	360	0	0	6	366	0.98	0.00	0.00	0.02	A	51	0.98
125	280	0	0	0	280	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
126	531	0	0	0	531	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
127	2	0	0	656	658	0.00	0.00	0.00	1.00	C	61	1.00
128	0	0	0	738	738	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
129	0	0	0	900	900	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
130	0	169	0	793	962	0.00	0.18	0.00	0.82	C	34	0.82
131	0	586	0	176	762	0.00	0.77	0.00	0.23	T	34	0.77
132	0	231	0	882	1113	0.00	0.21	0.00	0.79	C	34	0.79
133	0	0	0	839	839	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
134	0	0	0	737	737	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
135	2	0	0	420	422	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
136	467	0	0	119	586	0.80	0.00	0.00	0.20	A	34	0.80
137	418	0	0	0	418	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
138	677	0	0	0	677	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
139	648	0	0	2	650	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
140	70	0	0	354	424	0.17	0.00	0.00	0.83	C	58	0.83
141	493	0	0	2	495	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
142	301	0	0	0	301	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
143	737	0	0	0	737	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
144	649	0	0	0	649	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
145	20	175	0	406	601	0.03	0.29	0.00	0.68	C	34	0.68
146	3	491	0	2	496	0.01	0.99	0.00	0.00	T	58	0.99
147	757	52	0	0	809	0.94	0.06	0.00	0.00	A	58	0.94
148	642	0	0	2	644	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
149	198	0	0	397	595	0.33	0.00	0.00	0.67	C	32	0.67
150	434	2	0	2	438	0.99	0.00	0.00	0.00	A	51	0.99
151	464	0	14	3	481	0.96	0.00	0.03	0.01	A	58	0.96
152	1	0	0	631	632	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
153	0	0	0	792	792	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
154	0	0	0	772	772	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
155	421	0	0	248	669	0.63	0.00	0.00	0.37	A	25	0.63
156	2	0	0	642	644	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
157	0	0	0	837	837	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
158	2	0	0	448	450	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
159	463	0	0	88	551	0.84	0.00	0.00	0.16	A	51	0.84
160	2	0	0	697	699	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
161	0	0	0	763	763	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
162	0	0	0	688	688	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
163	463	0	0	187	650	0.71	0.00	0.00	0.29	A	34	0.71
164	473	0	0	6	479	0.99	0.00	0.00	0.01	A	58	0.99
165	0	0	0	489	489	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
166	0	3	0	744	747	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
167	0	478	0	162	640	0.00	0.75	0.00	0.25	T	34	0.75
168	2	16	0	744	762	0.00	0.02	0.00	0.98	C	31	0.98
169	381	0	0	223	604	0.63	0.00	0.00	0.37	A	25	0.63
170	28	0	0	455	483	0.06	0.00	0.00	0.94	C	34	0.94
171	457	144	0	0	601	0.76	0.24	0.00	0.00	A	34	0.76
172	37	470	0	0	507	0.07	0.93	0.00	0.00	T	58	0.93
173	678	169	0	0	847	0.80	0.20	0.00	0.00	A	34	0.80
174	621	0	0	0	621	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
175	281	0	0	0	281	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
176	53	0	0	503	556	0.10	0.00	0.00	0.90	C	51	0.90
177	384	0	0	175	559	0.69	0.00	0.00	0.31	A	34	0.69
178	17	0	0	505	522	0.03	0.00	0.00	0.97	C	58	0.97
179	417	0	0	0	417	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
180	530	0	0	0	530	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
181	54	392	0	0	446	0.12	0.88	0.00	0.00	T	58	0.88
182	797	227	0	0	1024	0.78	0.22	0.00	0.00	A	34	0.78
183	532	0	0	113	645	0.82	0.00	0.00	0.18	A	34	0.82
184	5	0	0	654	659	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
185	0	0	0	818	818	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
186	0	6	0	714	720	0.00	0.01	0.00	0.99	C	34	0.99
187	0	535	0	101	636	0.00	0.84	0.00	0.16	T	34	0.84
188	0	246	0	710	956	0.00	0.26	0.00	0.74	C	34	0.74
189	0	391	0	91	482	0.00	0.81	0.00	0.19	T	34	0.81
190	741	18	0	0	759	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
191	609	0	0	0	609	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
192	7	0	0	555	562	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
193	0	7	0	670	677	0.00	0.01	0.00	0.99	C	34	0.99
194	9	365	0	14	388	0.02	0.94	0.00	0.04	T	58	0.94
195	717	1	0	0	718	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
196	609	0	0	0	609	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
197	593	0	0	0	593	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
198	601	180	0	0	781	0.77	0.23	0.00	0.00	A	34	0.77
199	9	545	0	0	554	0.02	0.98	0.00	0.00	T	58	0.98
200	7	745	0	0	752	0.01	0.99	0.00	0.00	T	58	0.99
201	688	301	0	0	989	0.70	0.30	0.00	0.00	A	34	0.70
202	40	6	0	520	566	0.07	0.01	0.00	0.92	C	34	0.92
203	26	353	0	15	394	0.07	0.90	0.00	0.04	T	58	0.90
204	746	0	0	0	746	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
205	605	0	0	0	605	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
206	495	0	0	125	620	0.80	0.00	0.00	0.20	A	34	0.80
207	0	0	0	596	596	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
208	0	0	0	771	771	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
209	0	161	0	710	871	0.00	0.18	0.00	0.82	C	34	0.82
210	0	599	0	10	609	0.00	0.98	0.00	0.02	T	58	0.98
211	0	852	0	0	852	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
212	16	649	0	0	665	0.02	0.98	0.00	0.00	T	50	0.98
213	626	284	0	0	910	0.69	0.31	0.00	0.00	A	33	0.69

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                42 GAGGGTTA     49
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                57 CCCCCCATACCACTAATTAA     76
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                77 CTAAAAATTCACCTACCAAC     96
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                97 CACAACCAATCAACAACACA    116
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               117 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    136
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               137 CTAACAACCCACCCACCCAA    156
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               157 CCTCACATAAACACAATAAC    176
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               177 CCTCTAACCTAAAATTACTA    196
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               197 AA    198
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:18 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                57 CCCCCCATACCACTAATTAA     76
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                77 CTAAAAATTCACCTACCAAC     96
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                97 CACAACCAATCAACAACACA    116
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               117 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    136
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               137 CTAACAACCCACCCACCCAA    156
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               157 CCTCACATAAACACAATAAC    176
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               177 CCTCTAACCTAAAATTACTA    196
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               197 AA    198
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 142 bp

## CCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 142 bp

## CCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the aligned sequence :	30 bp
Minimum identity percentage of alignment :	75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean :	0.9

Direction	Sequencing	Length	Identity	Mismatch	Indel in DNA reference	Indel in sequencing	Mean of conversion rates	SD of conversion rates	Quality Result
Reverse	#2	142	91.55	12	0	0	1	0.01	Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result	Nucleotides in trimmed sequencing result	Positions in reference DNA sequence	Nucleotides in reference DNA sequence
63	A	138	G
68	A	143	G
94	A	169	G
114	A	189	G
116	A	191	G
133	A	208	G
142	A	217	G
147	A	222	G
155	A	230	G
161	A	236	G
169	A	244	G
171	A	246	G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number	Bisulfite conversion rate Reverse
50	1.00
49	1.00
48	1.00
47	1.00
46	1.00
45	1.00
44	1.00
43	1.00
42	0.99
41	1.00
40	1.00
39	1.00
38	1.00
37	1.00
36	1.00
35	1.00
34	1.00
33	1.00
32	1.00
31	0.97
30	1.00
29	1.00
28	1.00
27	1.00
26	1.00
25	1.00
24	1.00
23	1.00
22	1.00
21	1.00
20	1.00
19	NaN

Forward

Reverse

C number	Position in reference DNA	Position in sequencing result (trimmed)	Position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Bisulfite conversion rate
50	146	71	79	676	323	0	0	1.00
49	150	75	83	636	367	0	0	1.00
48	151	76	84	546	0	0	1	1.00
47	154	79	87	635	259	0	0	1.00
46	156	81	89	322	1	0	0	1.00
45	157	82	90	383	0	0	0	1.00
44	158	83	91	607	0	0	0	1.00
43	166	91	99	699	258	0	2	1.00
42	170	95	103	258	0	2	2	0.99
41	176	101	109	562	0	0	0	1.00
40	184	109	117	518	0	0	0	1.00
39	187	112	120	551	0	0	0	1.00
38	192	117	125	280	0	0	0	1.00
37	204	129	137	418	0	0	0	1.00
36	205	130	138	677	0	0	0	1.00
35	206	131	139	648	0	0	2	1.00
34	209	134	142	301	0	0	0	1.00
33	211	136	144	649	0	0	0	1.00
32	214	139	147	757	52	0	0	1.00
31	218	143	151	464	0	14	3	0.97
30	231	156	164	473	0	0	6	1.00
29	241	166	174	621	0	0	0	1.00
28	247	172	180	530	0	0	0	1.00
27	249	174	182	797	227	0	0	1.00
26	258	183	191	609	0	0	0	1.00
25	262	187	195	717	1	0	0	1.00
24	263	188	196	609	0	0	0	1.00
23	265	190	198	601	180	0	0	1.00
22	268	193	201	688	301	0	0	1.00
21	272	197	205	605	0	0	0	1.00
20	273	198	206	495	0	0	125	1.00
19	274	199	207	0	0	0	596	NaN

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 143 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771149

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGG

Methylation

Combined

CG number	Chromosome	Start	End	Methylation Percentage Forward	Methylation Percentage Reverse	Methylation Percentage Average	Methylation Percentage SD
16	chr16	68771143	68771144	NA	0	0	NA
15	chr16	68771138	68771139	NA	0	0	NA
14	chr16	68771112	68771113	NA	0	0	NA
13	chr16	68771092	68771093	NA	0	0	NA
12	chr16	68771090	68771091	NA	0	0	NA
11	chr16	68771073	68771074	NA	0	0	NA
10	chr16	68771064	68771065	NA	0	0	NA
9	chr16	68771059	68771060	NA	0	0	NA
8	chr16	68771051	68771052	NA	0	0	NA
7	chr16	68771045	68771046	NA	0	0	NA
6	chr16	68771037	68771038	NA	0	0	NA
5	chr16	68771035	68771036	NA	0	0	NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number	Chromosome	Start	End	G position in reference DNA	G position in sequencing result (trimmed)	G position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Methylation Percentage
16	chr16	68771143	68771144	138	63	71	329	0	0	0	0
15	chr16	68771138	68771139	143	68	76	346	0	0	0	0
14	chr16	68771112	68771113	169	94	102	465	0	0	2	0
13	chr16	68771092	68771093	189	114	122	422	0	0	177	0
12	chr16	68771090	68771091	191	116	124	360	0	0	6	0
11	chr16	68771073	68771074	208	133	141	493	0	0	2	0
10	chr16	68771064	68771065	217	142	150	434	2	0	2	0
9	chr16	68771059	68771060	222	147	155	421	0	0	248	0
8	chr16	68771051	68771052	230	155	163	463	0	0	187	0
7	chr16	68771045	68771046	236	161	169	381	0	0	223	0
6	chr16	68771037	68771038	244	169	177	384	0	0	175	0
5	chr16	68771035	68771036	246	171	179	417	0	0	0	0

Individual methylation plot

Output data

Directories

Files

alignments

CDH1_Low methylated DNA_3_aligned_DNAref_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_3_aligned_max_seq.fasta

CDH1_Low methylated DNA_3_aligned_seqresult_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_3_alignment_R.pair

chromatograms

CDH1_Low methylated DNA_3_chromatogram_1.pdf

CDH1_Low methylated DNA_3_chromatogram_2.pdf

CDH1_Low methylated DNA_3_chromatogram_trimmed_2.pdf

data

CDH1_Low methylated DNA_3_methdata.csv

plots

CDH1_Low methylated DNA_3_plot.png

legend_bases.png

legend_methylation_gradient.png

sequences

CDH1_BS_antisense.fasta

CDH1_BS_sense.fasta

CDH1_minus.fasta

CDH1_plus.fasta

tables

CDH1_Low methylated DNA_3_bisconv_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_bisconv_table.png

CDH1_Low methylated DNA_3_bisconv_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_meth_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_meth_table.png

CDH1_Low methylated DNA_3_meth_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_QC.png

CDH1_Low methylated DNA_3_QC_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_QC_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_1.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_1.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_trimmed_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_seqtable_trimmed_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_3_trimmedseq.png

CDH1_Low methylated DNA_3_trimmedseq_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_3_trimmedseq_table.xlsx

Methylation data file preview

CG_nb	chromosome	start	end	meth_F	meth_R	meth_avg	meth_sd	collection	group	rep	clone	alg_coord_start	alg_coord_end
16	chr16	68771143	68771144	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
15	chr16	68771138	68771139	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
14	chr16	68771112	68771113	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
13	chr16	68771092	68771093	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
12	chr16	68771090	68771091	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
11	chr16	68771073	68771074	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
10	chr16	68771064	68771065	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
9	chr16	68771059	68771060	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
8	chr16	68771051	68771052	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
7	chr16	68771045	68771046	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
6	chr16	68771037	68771038	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149
5	chr16	68771035	68771036	NA	0	0	NA		Low methylated DNA	3	NA	68771007	68771149