Parameters Input.values
Folder name : Example data
Sequence name : CDH1
Group : Low methylated DNA
Experiment type : Direct-BSP
Replicate number : 3
Date of sequencing #1 : 2022-05-02
Date of sequencing #2 : 2022-05-02
Date of analysis : 2022-05-18 12:53
Prefix of output files : CDH1_Low methylated DNA_3

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information Input values
Name CDH1
Strand used for primer design Plus strand
Length 341 pb
Coordinates on reference genome chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number chr start end C position G position
1 chr16 68770944 68770945 5 6
2 chr16 68770947 68770948 8 9
3 chr16 68770960 68770961 21 22
4 chr16 68770981 68770982 42 43
5 chr16 68771035 68771036 96 97
6 chr16 68771037 68771038 98 99
7 chr16 68771045 68771046 106 107
8 chr16 68771051 68771052 112 113
9 chr16 68771059 68771060 120 121
10 chr16 68771064 68771065 125 126
11 chr16 68771073 68771074 134 135
12 chr16 68771090 68771091 151 152
13 chr16 68771092 68771093 153 154
14 chr16 68771112 68771113 173 174
15 chr16 68771138 68771139 199 200
16 chr16 68771143 68771144 204 205
17 chr16 68771150 68771151 211 212
18 chr16 68771159 68771160 220 221
19 chr16 68771182 68771183 243 244
20 chr16 68771200 68771201 261 262
21 chr16 68771203 68771204 264 265
22 chr16 68771230 68771231 291 292
23 chr16 68771254 68771255 315 316
24 chr16 68771264 68771265 325 326
25 chr16 68771269 68771270 330 331
26 chr16 68771274 68771275 335 336
27 chr16 68771278 68771279 339 340

CG positions on minus strand

CG number chr start end C position G position
27 chr16 68771278 68771279 2 3
26 chr16 68771274 68771275 6 7
25 chr16 68771269 68771270 11 12
24 chr16 68771264 68771265 16 17
23 chr16 68771254 68771255 26 27
22 chr16 68771230 68771231 50 51
21 chr16 68771203 68771204 77 78
20 chr16 68771200 68771201 80 81
19 chr16 68771182 68771183 98 99
18 chr16 68771159 68771160 121 122
17 chr16 68771150 68771151 130 131
16 chr16 68771143 68771144 137 138
15 chr16 68771138 68771139 142 143
14 chr16 68771112 68771113 168 169
13 chr16 68771092 68771093 188 189
12 chr16 68771090 68771091 190 191
11 chr16 68771073 68771074 207 208
10 chr16 68771064 68771065 216 217
9 chr16 68771059 68771060 221 222
8 chr16 68771051 68771052 229 230
7 chr16 68771045 68771046 235 236
6 chr16 68771037 68771038 243 244
5 chr16 68771035 68771036 245 246
4 chr16 68770981 68770982 299 300
3 chr16 68770960 68770961 320 321
2 chr16 68770947 68770948 333 334
1 chr16 68770944 68770945 336 337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the trimmed sequence : 30 bp
Minimum Phred quality score : 30
Minimum ratio of primary peak : 0.75
Minimum percentage of non-mixed positions : 75 %
Sequencing Length Start position End position Mean of Phred quality scores Mean of primary peak ratio Percentage of non-mixed positions Trimmed sequence quality
#1 746 24 769 14.51 0.62 22.39 Incorrect
#2 205 9 213 45.29 0.93 90.24 Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1275 bp

## AATTTTAGCGTGGTGCAGTAGATGATATTGGAGTGTGAGTAGTTGTGAGTTTGCTCGACTGTGCCTGCTAAGAAGAAGGTTCNGCTTNGCGTCGGTCCGGANGATGTCTAGCNGCCTGTGTTACGACGTCCTCTTCGTCNTCATGACCGACTTTGTCATACTTGCCAACCGCGTGTAACTTTCTTTGCGTTGGCCGTCTCCCGGGATCCTCTACTCTCNTTCGCTCGGTTGTGTTTCGGTAGTTGTGACTGTGGGGAGGACGGATCCTTGCANGCTGAAGATTCTTGATNACTAGGAAAGCCTCGTTGATGACTANTAATTACTAACTCTATCCCCNTCACTATTAAATTACGGAGTTCACCCGCGACTTTCTGTCTAGGGTGTGAGCTAGATGAATTCATCAATGCAATGCGCGTGAGCTCCATAACATTAANAGNTCNCTNCGATTTGATAATGCTTCAAAGTTTTNTTCTNTTTTTACAATGAGTCCCTCTACCAANCAGCCACAGAATATAATTGCAGGTGACTATTTCGCAAGTGGAGGTCTCTGTCAGTGACCTATGATTACTTATAGATTTCTCCGCCNACTACGAACGGCCGTGCACCACCCTCTATATACTTATANAGAGCTGTCGGTCTGTCAATCCTTAATATNTTTGGGACGTGGTATGGTGCGCCGTGGTGCGACAAATCAGAGGGCAGTCTCAACTCCTGGTGATGGCGTTCCGTGCCTCTCCATTAAGTGTCAGGCTTGCGTCTATTATCCCCCATGAAGACAAGGAATATGCATTCTGCNGGAGTGCCGATGCAGGCATAAGACCGTTNCCCCTGATTCTTACTCGGCCTNATTCATGCTGATTACTANTACGGTATTAGAGCTCCATCGATCCCCGTGCTNTCNGTTCNTGATCCAGTAATCGATCNTGCCGTACNGGTTTTTCAAAAAGATACCGTCTGNAATTCATGATGTCCCNNGGATTTCGNGAATTCANNGCCTTCCNNAGTCCCNTAAANCNACCANNNGCCTCTATAACCTGANCACAAANNNCGCCNCCTNNCCCNATTNNCCCGGNGGGGAGCCCCCGGGGCCCGGTTTGAAAAACCCNATATTTGTTTNAAAAAAGAGANNGGGGGCCCCCCCGCCCCNACNNATATAAAAANNANNNTNCCCAAAACAAAGAGAAATAAGGNTGNNCANNCTANNNNNNNNATGCCGCCCCNCACCANNAANAGAATNNNNANNGANAANNCNNNNNNNCGGNGANGAGNNGGGGG
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 77 70 30 8 185 0.42 0.38 0.16 0.04 A 2 0.42
2 107 97 1 14 219 0.49 0.44 0.00 0.06 A 6 0.49
3 0 67 1 50 118 0.00 0.57 0.01 0.42 T 3 0.57
4 49 97 7 27 180 0.27 0.54 0.04 0.15 T 3 0.54
5 0 146 0 2 148 0.00 0.99 0.00 0.01 T 4 0.99
6 34 113 6 27 180 0.19 0.63 0.03 0.15 T 5 0.63
7 105 66 0 36 207 0.51 0.32 0.00 0.17 A 5 0.51
8 42 0 1448 15 1505 0.03 0.00 0.96 0.01 G 10 0.96
9 10 0 0 23 33 0.30 0.00 0.00 0.70 C 5 0.70
10 36 0 990 0 1026 0.04 0.00 0.96 0.00 G 20 0.96
11 6 110 0 0 116 0.05 0.95 0.00 0.00 T 4 0.95
12 0 0 8 0 8 0.00 0.00 1.00 0.00 G 4 1.00
13 0 0 5124 2 5126 0.00 0.00 1.00 0.00 G 4 1.00
14 11245 20622 0 38 31905 0.35 0.65 0.00 0.00 T 5 0.65
15 0 0 259 0 259 0.00 0.00 1.00 0.00 G 5 1.00
16 0 0 0 726 726 0.00 0.00 0.00 1.00 C 4 1.00
17 7090 0 0 686 7776 0.91 0.00 0.00 0.09 A 4 0.91
18 0 0 20550 0 20550 0.00 0.00 1.00 0.00 G 5 1.00
19 0 7783 0 0 7783 0.00 1.00 0.00 0.00 T 4 1.00
20 5705 0 0 0 5705 1.00 0.00 0.00 0.00 A 6 1.00
21 0 0 4706 0 4706 0.00 0.00 1.00 0.00 G 6 1.00
22 6302 0 0 574 6876 0.92 0.00 0.00 0.08 A 5 0.92
23 0 388 0 0 388 0.00 1.00 0.00 0.00 T 6 1.00
24 0 283 14573 0 14856 0.00 0.02 0.98 0.00 G 36 0.98
25 530 0 0 0 530 1.00 0.00 0.00 0.00 A 5 1.00
26 0 2986 0 208 3194 0.00 0.93 0.00 0.07 T 10 0.93
27 3194 0 634 128 3956 0.81 0.00 0.16 0.03 A 17 0.81
28 0 2366 0 0 2366 0.00 1.00 0.00 0.00 T 10 1.00
29 0 3394 0 340 3734 0.00 0.91 0.00 0.09 T 33 0.91
30 0 0 7605 567 8172 0.00 0.00 0.93 0.07 G 17 0.93
31 642 619 2218 0 3479 0.18 0.18 0.64 0.00 G 12 0.64
32 2274 0 0 168 2442 0.93 0.00 0.00 0.07 A 15 0.93
33 0 1403 2230 131 3764 0.00 0.37 0.59 0.03 G 13 0.59
34 406 1586 0 218 2210 0.18 0.72 0.00 0.10 T 12 0.72
35 604 0 3285 0 3889 0.16 0.00 0.84 0.00 G 16 0.84
36 0 818 0 261 1079 0.00 0.76 0.00 0.24 T 8 0.76
37 778 0 1382 338 2498 0.31 0.00 0.55 0.14 G 17 0.55
38 764 395 0 329 1488 0.51 0.27 0.00 0.22 A 9 0.51
39 0 0 1973 266 2239 0.00 0.00 0.88 0.12 G 25 0.88
40 417 652 0 0 1069 0.39 0.61 0.00 0.00 T 11 0.61
41 1196 0 493 11 1700 0.70 0.00 0.29 0.01 A 17 0.70
42 0 658 781 0 1439 0.00 0.46 0.54 0.00 G 11 0.54
43 0 950 0 282 1232 0.00 0.77 0.00 0.23 T 13 0.77
44 430 967 88 91 1576 0.27 0.61 0.06 0.06 T 15 0.61
45 3 336 2858 0 3197 0.00 0.11 0.89 0.00 G 47 0.89
46 295 420 0 219 934 0.32 0.45 0.00 0.23 T 10 0.45
47 164 303 1858 0 2325 0.07 0.13 0.80 0.00 G 14 0.80
48 716 0 0 318 1034 0.69 0.00 0.00 0.31 A 9 0.69
49 0 5 1562 427 1994 0.00 0.00 0.78 0.21 G 7 0.78
50 140 420 0 0 560 0.25 0.75 0.00 0.00 T 6 0.75
51 58 896 124 0 1078 0.05 0.83 0.12 0.00 T 8 0.83
52 355 446 3 401 1205 0.29 0.37 0.00 0.33 T 10 0.37
53 5 1 762 719 1487 0.00 0.00 0.51 0.48 G 11 0.51
54 229 6 238 685 1158 0.20 0.01 0.21 0.59 C 14 0.59
55 4 710 236 0 950 0.00 0.75 0.25 0.00 T 15 0.75
56 29 385 132 1033 1579 0.02 0.24 0.08 0.65 C 22 0.65
57 46 507 859 145 1557 0.03 0.33 0.55 0.09 G 19 0.55
58 511 315 492 41 1359 0.38 0.23 0.36 0.03 A 10 0.38
59 4 0 0 587 591 0.01 0.00 0.00 0.99 C 13 0.99
60 64 792 107 324 1287 0.05 0.62 0.08 0.25 T 17 0.62
61 204 0 2916 0 3120 0.07 0.00 0.93 0.00 G 50 0.93
62 110 553 92 228 983 0.11 0.56 0.09 0.23 T 10 0.56
63 0 0 1326 0 1326 0.00 0.00 1.00 0.00 G 21 1.00
64 121 0 0 549 670 0.18 0.00 0.00 0.82 C 9 0.82
65 28 358 203 792 1381 0.02 0.26 0.15 0.57 C 17 0.57
66 60 612 88 318 1078 0.06 0.57 0.08 0.29 T 13 0.57
67 6 517 633 300 1456 0.00 0.36 0.43 0.21 G 11 0.43
68 67 225 0 809 1101 0.06 0.20 0.00 0.73 C 23 0.73
69 0 547 415 0 962 0.00 0.57 0.43 0.00 T 12 0.57
70 1825 205 0 23 2053 0.89 0.10 0.00 0.01 A 43 0.89
71 1138 297 81 253 1769 0.64 0.17 0.05 0.14 A 34 0.64
72 238 0 550 97 885 0.27 0.00 0.62 0.11 G 13 0.62
73 502 1 257 231 991 0.51 0.00 0.26 0.23 A 10 0.51
74 544 1 84 111 740 0.74 0.00 0.11 0.15 A 13 0.74
75 0 151 167 17 335 0.00 0.45 0.50 0.05 G 8 0.50
76 499 236 174 3 912 0.55 0.26 0.19 0.00 A 10 0.55
77 352 0 152 266 770 0.46 0.00 0.20 0.35 A 11 0.46
78 6 275 358 6 645 0.01 0.43 0.56 0.01 G 10 0.56
79 440 0 543 0 983 0.45 0.00 0.55 0.00 G 13 0.55
80 0 398 29 342 769 0.00 0.52 0.04 0.44 T 10 0.52
81 183 401 0 0 584 0.31 0.69 0.00 0.00 T 10 0.69
82 0 373 103 429 905 0.00 0.41 0.11 0.47 C 8 0.47
83 401 400 107 374 1282 0.31 0.31 0.08 0.29 N 13 0.31
84 257 0 459 0 716 0.36 0.00 0.64 0.00 G 10 0.64
85 0 269 165 474 908 0.00 0.30 0.18 0.52 C 11 0.52
86 68 746 239 0 1053 0.06 0.71 0.23 0.00 T 23 0.71
87 3 516 0 443 962 0.00 0.54 0.00 0.46 T 19 0.54
88 413 123 419 202 1157 0.36 0.11 0.36 0.17 N 13 0.36
89 206 180 479 27 892 0.23 0.20 0.54 0.03 G 13 0.54
90 8 317 0 394 719 0.01 0.44 0.00 0.55 C 13 0.55
91 2 423 835 48 1308 0.00 0.32 0.64 0.04 G 24 0.64
92 68 342 249 0 659 0.10 0.52 0.38 0.00 T 13 0.52
93 2 328 23 474 827 0.00 0.40 0.03 0.57 C 10 0.57
94 81 0 415 349 845 0.10 0.00 0.49 0.41 G 11 0.49
95 133 279 454 46 912 0.15 0.31 0.50 0.05 G 19 0.50
96 0 610 225 28 863 0.00 0.71 0.26 0.03 T 24 0.71
97 58 0 339 399 796 0.07 0.00 0.43 0.50 C 14 0.50
98 349 141 0 356 846 0.41 0.17 0.00 0.42 C 12 0.42
99 60 389 528 8 985 0.06 0.39 0.54 0.01 G 18 0.54
100 0 0 428 281 709 0.00 0.00 0.60 0.40 G 11 0.60
101 429 6 267 34 736 0.58 0.01 0.36 0.05 A 13 0.58
102 112 300 227 90 729 0.15 0.41 0.31 0.12 N 10 0.41
103 5 207 475 0 687 0.01 0.30 0.69 0.00 G 9 0.69
104 340 211 7 182 740 0.46 0.29 0.01 0.25 A 8 0.46
105 166 426 157 10 759 0.22 0.56 0.21 0.01 T 11 0.56
106 231 19 573 372 1195 0.19 0.02 0.48 0.31 G 15 0.48
107 0 499 6 299 804 0.00 0.62 0.01 0.37 T 17 0.62
108 61 4 371 466 902 0.07 0.00 0.41 0.52 C 12 0.52
109 61 337 0 278 676 0.09 0.50 0.00 0.41 T 9 0.50
110 418 0 350 3 771 0.54 0.00 0.45 0.00 A 10 0.54
111 0 63 309 297 669 0.00 0.09 0.46 0.44 G 8 0.46
112 129 3 0 269 401 0.32 0.01 0.00 0.67 C 10 0.67
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114 215 59 660 0 934 0.23 0.06 0.71 0.00 G 13 0.71
115 258 0 12 279 549 0.47 0.00 0.02 0.51 C 10 0.51
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117 2 417 117 409 945 0.00 0.44 0.12 0.43 T 10 0.44
118 137 209 536 31 913 0.15 0.23 0.59 0.03 G 13 0.59
119 366 385 14 53 818 0.45 0.47 0.02 0.06 T 11 0.47
120 3 305 713 0 1021 0.00 0.30 0.70 0.00 G 23 0.70
121 9 377 85 334 805 0.01 0.47 0.11 0.41 T 13 0.47
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123 323 41 183 0 547 0.59 0.07 0.33 0.00 A 13 0.59
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131 29 236 108 250 623 0.05 0.38 0.17 0.40 C 8 0.40
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136 136 7 120 674 937 0.15 0.01 0.13 0.72 C 22 0.72
137 73 19 467 291 850 0.09 0.02 0.55 0.34 G 14 0.55
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150 256 126 38 237 657 0.39 0.19 0.06 0.36 A 8 0.39
151 13 167 307 438 925 0.01 0.18 0.33 0.47 C 10 0.47
152 99 511 181 21 812 0.12 0.63 0.22 0.03 T 18 0.63
153 257 598 210 63 1128 0.23 0.53 0.19 0.06 T 18 0.53
154 139 761 362 157 1419 0.10 0.54 0.26 0.11 T 28 0.54
155 86 143 1230 7 1466 0.06 0.10 0.84 0.00 G 21 0.84
156 0 619 0 57 676 0.00 0.92 0.00 0.08 T 11 0.92
157 333 60 298 613 1304 0.26 0.05 0.23 0.47 C 9 0.47
158 218 213 183 48 662 0.33 0.32 0.28 0.07 A 10 0.33
159 393 454 297 0 1144 0.34 0.40 0.26 0.00 T 9 0.40
160 349 44 162 338 893 0.39 0.05 0.18 0.38 A 13 0.39
161 0 0 0 509 509 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
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166 6 244 0 412 662 0.01 0.37 0.00 0.62 C 11 0.62
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178 454 150 187 22 813 0.56 0.18 0.23 0.03 A 10 0.56
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233 194 23 536 17 770 0.25 0.03 0.70 0.02 G 19 0.70
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239 0 81 449 12 542 0.00 0.15 0.83 0.02 G 18 0.83
240 250 345 292 44 931 0.27 0.37 0.31 0.05 T 8 0.37
241 347 345 0 240 932 0.37 0.37 0.00 0.26 A 8 0.37
242 33 119 423 379 954 0.03 0.12 0.44 0.40 G 11 0.44
243 1 458 304 5 768 0.00 0.60 0.40 0.01 T 10 0.60
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245 0 0 532 0 532 0.00 0.00 1.00 0.00 G 16 1.00
246 72 449 0 107 628 0.11 0.71 0.00 0.17 T 11 0.71
247 153 285 621 4 1063 0.14 0.27 0.58 0.00 G 21 0.58
248 328 0 245 10 583 0.56 0.00 0.42 0.02 A 7 0.56
249 8 317 1 367 693 0.01 0.46 0.00 0.53 C 13 0.53
250 141 288 86 0 515 0.27 0.56 0.17 0.00 T 16 0.56
251 292 27 398 30 747 0.39 0.04 0.53 0.04 G 12 0.53
252 162 207 47 20 436 0.37 0.47 0.11 0.05 T 6 0.47
253 0 305 346 150 801 0.00 0.38 0.43 0.19 G 8 0.43
254 286 16 613 212 1127 0.25 0.01 0.54 0.19 G 19 0.54
255 114 129 300 0 543 0.21 0.24 0.55 0.00 G 8 0.55
256 38 324 361 245 968 0.04 0.33 0.37 0.25 G 10 0.37
257 347 4 334 6 691 0.50 0.01 0.48 0.01 A 12 0.50
258 192 0 583 43 818 0.23 0.00 0.71 0.05 G 18 0.71
259 140 19 399 0 558 0.25 0.03 0.72 0.00 G 10 0.72
260 370 174 58 274 876 0.42 0.20 0.07 0.31 A 11 0.42
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262 7 208 311 0 526 0.01 0.40 0.59 0.00 G 13 0.59
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264 273 3 126 67 469 0.58 0.01 0.27 0.14 A 10 0.58
265 0 487 32 9 528 0.00 0.92 0.06 0.02 T 17 0.92
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267 200 23 55 489 767 0.26 0.03 0.07 0.64 C 15 0.64
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271 4 318 231 320 873 0.00 0.36 0.26 0.37 C 10 0.37
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287 1 293 430 5 729 0.00 0.40 0.59 0.01 G 19 0.59
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299 278 250 55 17 600 0.46 0.42 0.09 0.03 A 13 0.46
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301 0 6 116 636 758 0.00 0.01 0.15 0.84 C 24 0.84
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309 476 220 7 173 876 0.54 0.25 0.01 0.20 A 24 0.54
310 262 468 0 35 765 0.34 0.61 0.00 0.05 T 24 0.61
311 5 318 328 48 699 0.01 0.45 0.47 0.07 G 10 0.47
312 785 4 134 0 923 0.85 0.00 0.15 0.00 A 23 0.85
313 176 2 36 417 631 0.28 0.00 0.06 0.66 C 17 0.66
314 0 177 107 158 442 0.00 0.40 0.24 0.36 T 10 0.40
315 538 5 194 16 753 0.71 0.01 0.26 0.02 A 27 0.71
316 231 292 126 90 739 0.31 0.40 0.17 0.12 N 12 0.40
317 5 451 137 3 596 0.01 0.76 0.23 0.01 T 19 0.76
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395 489 136 6 26 657 0.74 0.21 0.01 0.04 A 34 0.74
396 462 2 100 1 565 0.82 0.00 0.18 0.00 A 34 0.82
397 149 198 59 2 408 0.37 0.49 0.14 0.00 T 12 0.49
398 187 260 174 57 678 0.28 0.38 0.26 0.08 T 18 0.38
399 47 184 84 309 624 0.08 0.29 0.13 0.50 C 24 0.50
400 440 0 0 18 458 0.96 0.00 0.00 0.04 A 30 0.96
401 0 498 92 21 611 0.00 0.82 0.15 0.03 T 34 0.82
402 41 0 194 419 654 0.06 0.00 0.30 0.64 C 25 0.64
403 371 40 106 0 517 0.72 0.08 0.21 0.00 A 18 0.72
404 174 46 153 0 373 0.47 0.12 0.41 0.00 A 11 0.47
405 0 455 0 88 543 0.00 0.84 0.00 0.16 T 23 0.84
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407 4 141 3 444 592 0.01 0.24 0.01 0.75 C 24 0.75
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410 61 245 0 238 544 0.11 0.45 0.00 0.44 T 13 0.45
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432 233 203 75 6 517 0.45 0.39 0.15 0.01 A 11 0.45
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550 0 107 167 25 299 0.00 0.36 0.56 0.08 G 11 0.56
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553 4 0 0 0 4 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
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555 26 368 16 118 528 0.05 0.70 0.03 0.22 T 16 0.70
556 0 0 132 8 140 0.00 0.00 0.94 0.06 G 9 0.94
557 343 152 29 18 542 0.63 0.28 0.05 0.03 A 12 0.63
558 0 19 22 202 243 0.00 0.08 0.09 0.83 C 9 0.83
559 93 1 144 232 470 0.20 0.00 0.31 0.49 C 9 0.49
560 17 202 201 0 420 0.04 0.48 0.48 0.00 T 8 0.48
561 364 0 4 248 616 0.59 0.00 0.01 0.40 A 14 0.59
562 0 150 46 45 241 0.00 0.62 0.19 0.19 T 8 0.62
563 0 0 164 134 298 0.00 0.00 0.55 0.45 G 9 0.55
564 279 192 155 0 626 0.45 0.31 0.25 0.00 A 11 0.45
565 0 196 0 34 230 0.00 0.85 0.00 0.15 T 10 0.85
566 147 215 41 61 464 0.32 0.46 0.09 0.13 T 10 0.46
567 228 0 51 190 469 0.49 0.00 0.11 0.41 A 10 0.49
568 192 1 21 201 415 0.46 0.00 0.05 0.48 C 10 0.48
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573 187 0 0 103 290 0.64 0.00 0.00 0.36 A 11 0.64
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576 81 304 168 1 554 0.15 0.55 0.30 0.00 T 19 0.55
577 6 240 3 236 485 0.01 0.49 0.01 0.49 T 16 0.49
578 196 245 1 0 442 0.44 0.55 0.00 0.00 T 11 0.55
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580 62 176 43 0 281 0.22 0.63 0.15 0.00 T 8 0.63
581 0 225 40 258 523 0.00 0.43 0.08 0.49 C 13 0.49
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587 121 0 0 0 121 1.00 0.00 0.00 0.00 A 7 1.00
588 13 0 217 258 488 0.03 0.00 0.44 0.53 C 9 0.53
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593 284 18 192 1 495 0.57 0.04 0.39 0.00 A 12 0.57
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595 0 11 0 245 256 0.00 0.04 0.00 0.96 C 14 0.96
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598 0 28 99 173 300 0.00 0.09 0.33 0.58 C 9 0.58
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600 134 0 166 2 302 0.44 0.00 0.55 0.01 G 11 0.55
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610 178 0 3 181 362 0.49 0.00 0.01 0.50 C 9 0.50
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617 138 189 69 1 397 0.35 0.48 0.17 0.00 T 8 0.48
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620 29 199 154 0 382 0.08 0.52 0.40 0.00 T 8 0.52
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624 266 110 116 38 530 0.50 0.21 0.22 0.07 A 12 0.50
625 133 68 67 36 304 0.44 0.22 0.22 0.12 N 9 0.44
626 275 0 1 155 431 0.64 0.00 0.00 0.36 A 12 0.64
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655 161 146 194 125 626 0.26 0.23 0.31 0.20 N 10 0.31
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671 0 0 364 1 365 0.00 0.00 1.00 0.00 G 24 1.00
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687 185 144 2 25 356 0.52 0.40 0.01 0.07 A 8 0.52
688 0 141 7 152 300 0.00 0.47 0.02 0.51 C 11 0.51
689 249 0 0 0 249 1.00 0.00 0.00 0.00 A 23 1.00
690 224 139 114 10 487 0.46 0.29 0.23 0.02 A 10 0.46
691 188 0 0 46 234 0.80 0.00 0.00 0.20 A 7 0.80
692 0 359 45 0 404 0.00 0.89 0.11 0.00 T 15 0.89
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694 228 0 70 2 300 0.76 0.00 0.23 0.01 A 9 0.76
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697 0 0 254 183 437 0.00 0.00 0.58 0.42 G 8 0.58
698 7 0 223 166 396 0.02 0.00 0.56 0.42 G 8 0.56
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700 93 0 0 230 323 0.29 0.00 0.00 0.71 C 11 0.71
701 236 0 0 0 236 1.00 0.00 0.00 0.00 A 9 1.00
702 0 0 51 24 75 0.00 0.00 0.68 0.32 G 6 0.68
703 27 294 231 37 589 0.05 0.50 0.39 0.06 T 12 0.50
704 41 0 2 215 258 0.16 0.00 0.01 0.83 C 9 0.83
705 35 177 104 0 316 0.11 0.56 0.33 0.00 T 6 0.56
706 93 0 97 212 402 0.23 0.00 0.24 0.53 C 14 0.53
707 165 22 148 164 499 0.33 0.04 0.30 0.33 A 10 0.33
708 167 4 125 0 296 0.56 0.01 0.42 0.00 A 7 0.56
709 0 0 40 152 192 0.00 0.00 0.21 0.79 C 7 0.79
710 171 209 39 0 419 0.41 0.50 0.09 0.00 T 14 0.50
711 40 0 124 245 409 0.10 0.00 0.30 0.60 C 13 0.60
712 30 0 17 188 235 0.13 0.00 0.07 0.80 C 10 0.80
713 0 330 0 3 333 0.00 0.99 0.00 0.01 T 16 0.99
714 61 0 352 74 487 0.13 0.00 0.72 0.15 G 13 0.72
715 2 0 336 2 340 0.01 0.00 0.99 0.01 G 21 0.99
716 21 233 0 13 267 0.08 0.87 0.00 0.05 T 18 0.87
717 29 84 354 0 467 0.06 0.18 0.76 0.00 G 27 0.76
718 135 0 0 75 210 0.64 0.00 0.00 0.36 A 11 0.64
719 144 176 0 11 331 0.44 0.53 0.00 0.03 T 11 0.53
720 189 0 310 0 499 0.38 0.00 0.62 0.00 G 16 0.62
721 0 0 191 131 322 0.00 0.00 0.59 0.41 G 7 0.59
722 1 119 122 174 416 0.00 0.29 0.29 0.42 C 10 0.42
723 39 119 176 0 334 0.12 0.36 0.53 0.00 G 6 0.53
724 85 292 102 3 482 0.18 0.61 0.21 0.01 T 13 0.61
725 81 305 20 0 406 0.20 0.75 0.05 0.00 T 23 0.75
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727 75 0 0 183 258 0.29 0.00 0.00 0.71 C 20 0.71
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730 0 0 82 0 82 0.00 0.00 1.00 0.00 G 10 1.00
731 62 45 27 268 402 0.15 0.11 0.07 0.67 C 17 0.67
732 121 18 3 230 372 0.33 0.05 0.01 0.62 C 17 0.62
733 121 298 0 0 419 0.29 0.71 0.00 0.00 T 18 0.71
734 64 0 77 219 360 0.18 0.00 0.21 0.61 C 16 0.61
735 69 214 46 0 329 0.21 0.65 0.14 0.00 T 12 0.65
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737 107 73 6 193 379 0.28 0.19 0.02 0.51 C 6 0.51
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760 242 0 76 46 364 0.66 0.00 0.21 0.13 A 9 0.66
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767 82 0 58 339 479 0.17 0.00 0.12 0.71 C 32 0.71
768 82 9 12 337 440 0.19 0.02 0.03 0.77 C 37 0.77
769 16 7 9 349 381 0.04 0.02 0.02 0.92 C 39 0.92
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777 80 135 2 273 490 0.16 0.28 0.00 0.56 C 15 0.56
778 99 0 88 0 187 0.53 0.00 0.47 0.00 A 6 0.53
779 256 1 0 5 262 0.98 0.00 0.00 0.02 A 14 0.98
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789 272 0 34 0 306 0.89 0.00 0.11 0.00 A 12 0.89
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800 123 63 258 1 445 0.28 0.14 0.58 0.00 G 29 0.58
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863 14 340 46 0 400 0.04 0.85 0.12 0.00 T 27 0.85
864 215 0 27 0 242 0.89 0.00 0.11 0.00 A 11 0.89
865 79 59 53 159 350 0.23 0.17 0.15 0.45 N 20 0.45
866 0 124 117 8 249 0.00 0.50 0.47 0.03 T 11 0.50
867 283 0 61 0 344 0.82 0.00 0.18 0.00 A 29 0.82
868 0 43 60 158 261 0.00 0.16 0.23 0.61 C 6 0.61
869 0 0 97 0 97 0.00 0.00 1.00 0.00 G 6 1.00
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871 23 204 194 22 443 0.05 0.46 0.44 0.05 T 6 0.46
872 119 0 114 33 266 0.45 0.00 0.43 0.12 A 4 0.45
873 0 183 15 49 247 0.00 0.74 0.06 0.20 T 6 0.74
874 0 187 15 169 371 0.00 0.50 0.04 0.46 T 9 0.50
875 136 0 0 13 149 0.91 0.00 0.00 0.09 A 5 0.91
876 117 0 266 13 396 0.30 0.00 0.67 0.03 G 23 0.67
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1015 0 54 68 108 230 0.00 0.23 0.30 0.47 C 15 0.47
1016 109 54 41 79 283 0.39 0.19 0.14 0.28 N 9 0.39
1017 120 92 0 0 212 0.57 0.43 0.00 0.00 A 6 0.57
1018 118 0 2 147 267 0.44 0.00 0.01 0.55 C 6 0.55
1019 85 14 42 136 277 0.31 0.05 0.15 0.49 C 9 0.49
1020 88 0 68 75 231 0.38 0.00 0.29 0.32 A 7 0.38
1021 118 62 58 45 283 0.42 0.22 0.20 0.16 N 13 0.42
1022 79 103 92 53 327 0.24 0.31 0.28 0.16 N 6 0.31
1023 67 87 68 106 328 0.20 0.27 0.21 0.32 N 6 0.32
1024 15 0 146 101 262 0.06 0.00 0.56 0.39 G 5 0.56
1025 1 0 116 147 264 0.00 0.00 0.44 0.56 C 9 0.56
1026 5 91 96 118 310 0.02 0.29 0.31 0.38 C 9 0.38
1027 7 161 33 148 349 0.02 0.46 0.09 0.42 T 14 0.46
1028 12 72 40 153 277 0.04 0.26 0.14 0.55 C 9 0.55
1029 0 60 44 0 104 0.00 0.58 0.42 0.00 T 6 0.58
1030 145 0 26 43 214 0.68 0.00 0.12 0.20 A 23 0.68
1031 0 115 47 1 163 0.00 0.71 0.29 0.01 T 18 0.71
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1033 193 25 45 69 332 0.58 0.08 0.14 0.21 A 18 0.58
1034 0 52 55 104 211 0.00 0.25 0.26 0.49 C 6 0.49
1035 0 49 19 151 219 0.00 0.22 0.09 0.69 C 9 0.69
1036 122 164 4 0 290 0.42 0.57 0.01 0.00 T 8 0.57
1037 0 0 160 0 160 0.00 0.00 1.00 0.00 G 16 1.00
1038 88 2 30 0 120 0.73 0.02 0.25 0.00 A 6 0.73
1039 93 66 41 117 317 0.29 0.21 0.13 0.37 N 5 0.37
1040 0 0 39 115 154 0.00 0.00 0.25 0.75 C 13 0.75
1041 107 0 0 0 107 1.00 0.00 0.00 0.00 A 8 1.00
1042 0 75 92 95 262 0.00 0.29 0.35 0.36 C 6 0.36
1043 333 261 2 99 695 0.48 0.38 0.00 0.14 A 12 0.48
1044 192 0 103 86 381 0.50 0.00 0.27 0.23 A 11 0.50
1045 139 43 18 59 259 0.54 0.17 0.07 0.23 A 9 0.54
1046 90 67 37 88 282 0.32 0.24 0.13 0.31 N 5 0.32
1047 64 107 29 116 316 0.20 0.34 0.09 0.37 N 8 0.37
1048 48 74 67 113 302 0.16 0.25 0.22 0.37 N 8 0.37
1049 31 23 86 111 251 0.12 0.09 0.34 0.44 C 14 0.44
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1051 60 3 56 94 213 0.28 0.01 0.26 0.44 C 8 0.44
1052 78 33 15 115 241 0.32 0.14 0.06 0.48 C 15 0.48
1053 75 41 37 123 276 0.27 0.15 0.13 0.45 N 12 0.45
1054 76 57 2 110 245 0.31 0.23 0.01 0.45 C 9 0.45
1055 0 0 40 78 118 0.00 0.00 0.34 0.66 C 11 0.66
1056 0 84 52 60 196 0.00 0.43 0.27 0.31 T 9 0.43
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1072 12 43 126 59 240 0.05 0.18 0.52 0.25 G 3 0.52
1073 30 43 58 29 160 0.19 0.27 0.36 0.18 N 4 0.36
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1076 0 38 80 9 127 0.00 0.30 0.63 0.07 G 16 0.63
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1078 76 39 54 14 183 0.42 0.21 0.30 0.08 A 10 0.42
1079 64 0 67 60 191 0.34 0.00 0.35 0.31 G 9 0.35
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1096 55 105 91 1 252 0.22 0.42 0.36 0.00 T 12 0.42
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1098 141 54 59 2 256 0.55 0.21 0.23 0.01 A 13 0.55
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1100 166 2 0 33 201 0.83 0.01 0.00 0.16 A 38 0.83
1101 128 18 20 47 213 0.60 0.08 0.09 0.22 A 10 0.60
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1103 67 53 14 86 220 0.30 0.24 0.06 0.39 C 4 0.39
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1167 0 24 0 0 24 0.00 1.00 0.00 0.00 T 7 1.00
1168 26 24 50 79 179 0.15 0.13 0.28 0.44 N 3 0.44
1169 72 18 62 109 261 0.28 0.07 0.24 0.42 C 18 0.42
1170 70 5 55 77 207 0.34 0.02 0.27 0.37 C 4 0.37
1171 44 3 0 57 104 0.42 0.03 0.00 0.55 C 7 0.55
1172 83 7 51 38 179 0.46 0.04 0.28 0.21 A 5 0.46
1173 152 22 47 36 257 0.59 0.09 0.18 0.14 A 3 0.59
1174 169 4 31 53 257 0.66 0.02 0.12 0.21 A 2 0.66
1175 144 0 0 19 163 0.88 0.00 0.00 0.12 A 2 0.88
1176 0 4 25 37 66 0.00 0.06 0.38 0.56 C 3 0.56
1177 133 2 35 28 198 0.67 0.01 0.18 0.14 A 4 0.67
1178 172 21 26 26 245 0.70 0.09 0.11 0.11 A 14 0.70
1179 109 25 34 35 203 0.54 0.12 0.17 0.17 A 5 0.54
1180 84 13 85 47 229 0.37 0.06 0.37 0.21 G 5 0.37
1181 95 7 51 44 197 0.48 0.04 0.26 0.22 A 4 0.48
1182 79 11 85 39 214 0.37 0.05 0.40 0.18 G 3 0.40
1183 116 11 50 16 193 0.60 0.06 0.26 0.08 A 3 0.60
1184 134 10 67 15 226 0.59 0.04 0.30 0.07 A 15 0.59
1185 155 15 79 0 249 0.62 0.06 0.32 0.00 A 6 0.62
1186 0 6 0 3 9 0.00 0.67 0.00 0.33 T 8 0.67
1187 146 2 64 42 254 0.57 0.01 0.25 0.17 A 9 0.57
1188 134 0 108 34 276 0.49 0.00 0.39 0.12 A 4 0.49
1189 80 1 85 71 237 0.34 0.00 0.36 0.30 G 1 0.36
1190 51 14 74 60 199 0.26 0.07 0.37 0.30 G 5 0.37
1191 50 26 58 84 218 0.23 0.12 0.27 0.39 N 7 0.39
1192 0 26 0 0 26 0.00 1.00 0.00 0.00 T 4 1.00
1193 43 0 117 82 242 0.18 0.00 0.48 0.34 G 3 0.48
1194 27 30 83 63 203 0.13 0.15 0.41 0.31 N 1 0.41
1195 73 35 102 69 279 0.26 0.13 0.37 0.25 N 1 0.37
1196 0 0 74 85 159 0.00 0.00 0.47 0.53 C 2 0.53
1197 83 17 49 68 217 0.38 0.08 0.23 0.31 A 4 0.38
1198 71 32 63 93 259 0.27 0.12 0.24 0.36 N 3 0.36
1199 92 49 32 81 254 0.36 0.19 0.13 0.32 N 1 0.36
1200 0 0 0 81 81 0.00 0.00 0.00 1.00 C 5 1.00
1201 0 59 35 0 94 0.00 0.63 0.37 0.00 T 5 0.63
1202 86 54 21 68 229 0.38 0.24 0.09 0.30 A 10 0.38
1203 84 70 40 45 239 0.35 0.29 0.17 0.19 N 10 0.35
1204 55 61 27 42 185 0.30 0.33 0.15 0.23 N 11 0.33
1205 39 68 75 60 242 0.16 0.28 0.31 0.25 N 8 0.31
1206 65 59 67 49 240 0.27 0.25 0.28 0.20 N 7 0.28
1207 67 22 84 79 252 0.27 0.09 0.33 0.31 N 8 0.33
1208 78 41 26 71 216 0.36 0.19 0.12 0.33 N 13 0.36
1209 68 26 36 76 206 0.33 0.13 0.17 0.37 N 6 0.37
1210 80 25 40 82 227 0.35 0.11 0.18 0.36 N 15 0.36
1211 56 18 31 0 105 0.53 0.17 0.30 0.00 A 3 0.53
1212 117 310 0 181 608 0.19 0.51 0.00 0.30 T 4 0.51
1213 0 16 580 119 715 0.00 0.02 0.81 0.17 G 6 0.81
1214 17 21 108 131 277 0.06 0.08 0.39 0.47 C 3 0.47
1215 1 8 109 153 271 0.00 0.03 0.40 0.56 C 2 0.56
1216 50 22 107 103 282 0.18 0.08 0.38 0.37 G 2 0.38
1217 62 0 71 106 239 0.26 0.00 0.30 0.44 C 5 0.44
1218 70 0 0 95 165 0.42 0.00 0.00 0.58 C 4 0.58
1219 85 0 115 138 338 0.25 0.00 0.34 0.41 C 6 0.41
1220 90 11 41 149 291 0.31 0.04 0.14 0.51 C 3 0.51
1221 83 26 51 96 256 0.32 0.10 0.20 0.38 N 2 0.38
1222 91 15 46 110 262 0.35 0.06 0.18 0.42 C 2 0.42
1223 100 33 0 91 224 0.45 0.15 0.00 0.41 A 6 0.45
1224 91 15 69 101 276 0.33 0.05 0.25 0.37 C 4 0.37
1225 70 20 68 97 255 0.27 0.08 0.27 0.38 C 3 0.38
1226 92 20 84 87 283 0.33 0.07 0.30 0.31 A 2 0.33
1227 64 27 54 87 232 0.28 0.12 0.23 0.38 N 2 0.38
1228 93 34 57 98 282 0.33 0.12 0.20 0.35 N 3 0.35
1229 124 7 16 75 222 0.56 0.03 0.07 0.34 A 3 0.56
1230 123 5 59 61 248 0.50 0.02 0.24 0.25 A 3 0.50
1231 109 58 53 77 297 0.37 0.20 0.18 0.26 N 1 0.37
1232 109 107 44 12 272 0.40 0.39 0.16 0.04 A 1 0.40
1233 0 0 50 0 50 0.00 0.00 1.00 0.00 G 3 1.00
1234 101 97 33 0 231 0.44 0.42 0.14 0.00 A 4 0.44
1235 91 91 57 21 260 0.35 0.35 0.22 0.08 A 4 0.35
1236 71 90 73 11 245 0.29 0.37 0.30 0.04 T 1 0.37
1237 88 80 110 63 341 0.26 0.23 0.32 0.18 N 6 0.32
1238 75 55 92 53 275 0.27 0.20 0.33 0.19 N 5 0.33
1239 97 45 68 45 255 0.38 0.18 0.27 0.18 N 9 0.38
1240 94 43 51 67 255 0.37 0.17 0.20 0.26 N 6 0.37
1241 101 23 28 74 226 0.45 0.10 0.12 0.33 A 8 0.45
1242 84 59 25 82 250 0.34 0.24 0.10 0.33 N 4 0.34
1243 86 83 46 42 257 0.33 0.32 0.18 0.16 N 5 0.33
1244 65 70 76 17 228 0.29 0.31 0.33 0.07 G 4 0.33
1245 92 75 18 32 217 0.42 0.35 0.08 0.15 A 9 0.42
1246 88 46 23 24 181 0.49 0.25 0.13 0.13 N 14 0.49
1247 113 57 1 25 196 0.58 0.29 0.01 0.13 A 8 0.58
1248 105 67 17 0 189 0.56 0.35 0.09 0.00 A 13 0.56
1249 115 59 48 53 275 0.42 0.21 0.17 0.19 N 15 0.42
1250 115 82 54 65 316 0.36 0.26 0.17 0.21 N 4 0.36
1251 68 0 8 74 150 0.45 0.00 0.05 0.49 C 9 0.49
1252 62 91 23 75 251 0.25 0.36 0.09 0.30 N 3 0.36
1253 92 98 57 49 296 0.31 0.33 0.19 0.17 N 2 0.33
1254 83 79 30 47 239 0.35 0.33 0.13 0.20 N 1 0.35
1255 74 73 81 48 276 0.27 0.26 0.29 0.17 N 3 0.29
1256 92 66 53 53 264 0.35 0.25 0.20 0.20 N 4 0.35
1257 78 48 51 25 202 0.39 0.24 0.25 0.12 N 11 0.39
1258 83 61 74 53 271 0.31 0.23 0.27 0.20 N 4 0.31
1259 0 39 0 39 78 0.00 0.50 0.00 0.50 C 6 0.50
1260 48 49 93 0 190 0.25 0.26 0.49 0.00 G 5 0.49
1261 46 0 116 27 189 0.24 0.00 0.61 0.14 G 6 0.61
1262 58 53 98 47 256 0.23 0.21 0.38 0.18 N 12 0.38
1263 63 51 84 14 212 0.30 0.24 0.40 0.07 G 4 0.40
1264 94 39 84 13 230 0.41 0.17 0.37 0.06 A 4 0.41
1265 60 38 94 28 220 0.27 0.17 0.43 0.13 N 4 0.43
1266 49 0 67 41 157 0.31 0.00 0.43 0.26 G 4 0.43
1267 80 55 61 8 204 0.39 0.27 0.30 0.04 A 4 0.39
1268 48 63 86 11 208 0.23 0.30 0.41 0.05 G 11 0.41
1269 58 67 59 29 213 0.27 0.31 0.28 0.14 N 6 0.31
1270 48 46 141 53 288 0.17 0.16 0.49 0.18 N 4 0.49
1271 22 47 93 58 220 0.10 0.21 0.42 0.26 G 9 0.42
1272 50 14 168 54 286 0.17 0.05 0.59 0.19 G 14 0.59
1273 31 12 169 58 270 0.11 0.04 0.63 0.21 G 1 0.63
1274 21 16 159 65 261 0.08 0.06 0.61 0.25 G 1 0.61
1275 0 0 137 0 137 0.00 0.00 1.00 0.00 G 2 1.00

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1275 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 12.65
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 745 bp
Trimmed sequence start position : 24
Trimmed sequence end position : 769
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 14.48

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1275 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.61
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 22.2 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 901 bp
Trimmed sequence start position : 10
Trimmed sequence end position : 910
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.64
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 26.42 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information Values
Length : 746 bp
Start position : 24
End position : 769
Mean of Phred quality scores : 14.51
Mean of primary peak ratio : 0.62
Percentage of non-mixed positions : 22.39 %
Chromatogram
Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 229 bp

## CAATTAAATTCCTATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACAACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAT
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 0 1 0 1811 1812 0.00 0.00 0.00 1.00 C 6 1.00
2 3218 618 0 1868 5704 0.56 0.11 0.00 0.33 A 8 0.56
3 2411 1060 0 938 4409 0.55 0.24 0.00 0.21 A 11 0.55
4 0 1182 0 0 1182 0.00 1.00 0.00 0.00 T 11 1.00
5 0 1866 0 0 1866 0.00 1.00 0.00 0.00 T 10 1.00
6 2705 1568 0 4 4277 0.63 0.37 0.00 0.00 A 3 0.63
7 2804 0 0 792 3596 0.78 0.00 0.00 0.22 A 11 0.78
8 2438 0 0 0 2438 1.00 0.00 0.00 0.00 A 30 1.00
9 2 1323 0 0 1325 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
10 0 1979 0 2 1981 0.00 1.00 0.00 0.00 T 53 1.00
11 0 2 0 1935 1937 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
12 0 0 0 1586 1586 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
13 0 1 0 0 1 0.00 1.00 0.00 0.00 T 35 1.00
14 1557 0 0 0 1557 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
15 0 699 0 141 840 0.00 0.83 0.00 0.17 T 19 0.83
16 1717 0 0 0 1717 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
17 1052 0 0 0 1052 1.00 0.00 0.00 0.00 A 55 1.00
18 0 0 0 1632 1632 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
19 0 0 0 1542 1542 0.00 0.00 0.00 1.00 C 61 1.00
20 0 0 0 1154 1154 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
21 0 1313 0 0 1313 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
22 8 0 0 1580 1588 0.01 0.00 0.00 0.99 C 46 0.99
23 0 729 0 0 729 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
24 1863 0 0 0 1863 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
25 1582 0 0 1 1583 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
26 0 0 0 962 962 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
27 0 1 0 1132 1133 0.00 0.00 0.00 1.00 C 57 1.00
28 0 816 0 1 817 0.00 1.00 0.00 0.00 T 57 1.00
29 1951 0 0 0 1951 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
30 664 357 0 0 1021 0.65 0.35 0.00 0.00 A 12 0.65
31 1319 0 0 0 1319 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
32 740 0 0 202 942 0.79 0.00 0.00 0.21 A 13 0.79
33 0 1168 0 0 1168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 25 1.00
34 3 1858 0 0 1861 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
35 1971 2 0 1 1974 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
36 0 1 0 1152 1153 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
37 2 843 0 223 1068 0.00 0.79 0.00 0.21 T 34 0.79
38 1491 792 0 0 2283 0.65 0.35 0.00 0.00 A 25 0.65
39 1454 0 0 2 1456 1.00 0.00 0.00 0.00 A 36 1.00
40 789 0 0 0 789 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
41 0 0 0 1193 1193 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
42 164 0 0 844 1008 0.16 0.00 0.00 0.84 C 51 0.84
43 0 0 0 1707 1707 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
44 0 1196 0 286 1482 0.00 0.81 0.00 0.19 T 32 0.81
45 39 1623 0 0 1662 0.02 0.98 0.00 0.00 T 41 0.98
46 128 1183 0 0 1311 0.10 0.90 0.00 0.00 T 28 0.90
47 1643 0 0 0 1643 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
48 0 140 1090 0 1230 0.00 0.11 0.89 0.00 G 25 0.89
49 161 795 0 0 956 0.17 0.83 0.00 0.00 T 32 0.83
50 0 2 768 0 770 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
51 1174 0 0 267 1441 0.81 0.00 0.00 0.19 A 25 0.81
52 2 0 1014 428 1444 0.00 0.00 0.70 0.30 G 26 0.70
53 0 0 1397 388 1785 0.00 0.00 0.78 0.22 G 36 0.78
54 0 6 890 297 1193 0.00 0.01 0.75 0.25 G 28 0.75
55 0 1169 1 0 1170 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
56 0 1168 0 0 1168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
57 1213 4 0 0 1217 1.00 0.00 0.00 0.00 A 35 1.00
58 1054 0 0 0 1054 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
59 142 1551 0 0 1693 0.08 0.92 0.00 0.00 T 22 0.92
60 0 4242 0 414 4656 0.00 0.91 0.00 0.09 T 30 0.91
61 4850 10 0 0 4860 1.00 0.00 0.00 0.00 A 30 1.00
62 0 0 0 424 424 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
63 404 0 0 294 698 0.58 0.00 0.00 0.42 A 5 0.58
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225 0 857 0 0 857 0.00 1.00 0.00 0.00 T 35 1.00
226 256 1854 0 0 2110 0.12 0.88 0.00 0.00 T 35 0.88
227 1927 281 0 0 2208 0.87 0.13 0.00 0.00 A 22 0.87
228 555 25 0 0 580 0.96 0.04 0.00 0.00 A 17 0.96
229 0 22 0 0 22 0.00 1.00 0.00 0.00 T 15 1.00

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 229 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 42.87
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 204 bp
Trimmed sequence start position : 9
Trimmed sequence end position : 213
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 45.26

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 229 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.92
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 88.65 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 223 bp
Trimmed sequence start position : 7
Trimmed sequence end position : 229
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.92
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 89.69 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence
Final trimmed sequence information Values
Length : 205 bp
Start position : 9
End position : 213
Mean of Phred quality scores : 45.29
Mean of primary peak ratio : 0.93
Percentage of non-mixed positions : 90.24 %

Sequence of primary peaks:

## TTCCTATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACAACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTA
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
9 2 1323 0 0 1325 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
10 0 1979 0 2 1981 0.00 1.00 0.00 0.00 T 53 1.00
11 0 2 0 1935 1937 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
12 0 0 0 1586 1586 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
13 0 1 0 0 1 0.00 1.00 0.00 0.00 T 35 1.00
14 1557 0 0 0 1557 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
15 0 699 0 141 840 0.00 0.83 0.00 0.17 T 19 0.83
16 1717 0 0 0 1717 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
17 1052 0 0 0 1052 1.00 0.00 0.00 0.00 A 55 1.00
18 0 0 0 1632 1632 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
19 0 0 0 1542 1542 0.00 0.00 0.00 1.00 C 61 1.00
20 0 0 0 1154 1154 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
21 0 1313 0 0 1313 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
22 8 0 0 1580 1588 0.01 0.00 0.00 0.99 C 46 0.99
23 0 729 0 0 729 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
24 1863 0 0 0 1863 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
25 1582 0 0 1 1583 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
26 0 0 0 962 962 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
27 0 1 0 1132 1133 0.00 0.00 0.00 1.00 C 57 1.00
28 0 816 0 1 817 0.00 1.00 0.00 0.00 T 57 1.00
29 1951 0 0 0 1951 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
30 664 357 0 0 1021 0.65 0.35 0.00 0.00 A 12 0.65
31 1319 0 0 0 1319 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
32 740 0 0 202 942 0.79 0.00 0.00 0.21 A 13 0.79
33 0 1168 0 0 1168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 25 1.00
34 3 1858 0 0 1861 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
35 1971 2 0 1 1974 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
36 0 1 0 1152 1153 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
37 2 843 0 223 1068 0.00 0.79 0.00 0.21 T 34 0.79
38 1491 792 0 0 2283 0.65 0.35 0.00 0.00 A 25 0.65
39 1454 0 0 2 1456 1.00 0.00 0.00 0.00 A 36 1.00
40 789 0 0 0 789 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
41 0 0 0 1193 1193 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
42 164 0 0 844 1008 0.16 0.00 0.00 0.84 C 51 0.84
43 0 0 0 1707 1707 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
44 0 1196 0 286 1482 0.00 0.81 0.00 0.19 T 32 0.81
45 39 1623 0 0 1662 0.02 0.98 0.00 0.00 T 41 0.98
46 128 1183 0 0 1311 0.10 0.90 0.00 0.00 T 28 0.90
47 1643 0 0 0 1643 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
48 0 140 1090 0 1230 0.00 0.11 0.89 0.00 G 25 0.89
49 161 795 0 0 956 0.17 0.83 0.00 0.00 T 32 0.83
50 0 2 768 0 770 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
51 1174 0 0 267 1441 0.81 0.00 0.00 0.19 A 25 0.81
52 2 0 1014 428 1444 0.00 0.00 0.70 0.30 G 26 0.70
53 0 0 1397 388 1785 0.00 0.00 0.78 0.22 G 36 0.78
54 0 6 890 297 1193 0.00 0.01 0.75 0.25 G 28 0.75
55 0 1169 1 0 1170 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
56 0 1168 0 0 1168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
57 1213 4 0 0 1217 1.00 0.00 0.00 0.00 A 35 1.00
58 1054 0 0 0 1054 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
59 142 1551 0 0 1693 0.08 0.92 0.00 0.00 T 22 0.92
60 0 4242 0 414 4656 0.00 0.91 0.00 0.09 T 30 0.91
61 4850 10 0 0 4860 1.00 0.00 0.00 0.00 A 30 1.00
62 0 0 0 424 424 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
63 404 0 0 294 698 0.58 0.00 0.00 0.42 A 5 0.58
64 197 0 0 0 197 1.00 0.00 0.00 0.00 A 10 1.00
65 0 0 0 552 552 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
66 0 0 0 791 791 0.00 0.00 0.00 1.00 C 57 1.00
67 0 0 0 789 789 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
68 0 0 0 821 821 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
69 0 0 0 771 771 0.00 0.00 0.00 1.00 C 61 1.00
70 1 0 0 658 659 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
71 329 0 0 0 329 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
72 6 398 0 3 407 0.01 0.98 0.00 0.01 T 58 0.98
73 621 0 0 0 621 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
74 0 0 0 713 713 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
75 0 0 0 737 737 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
76 346 0 0 0 346 1.00 0.00 0.00 0.00 A 46 1.00
77 0 31 0 306 337 0.00 0.09 0.00 0.91 C 46 0.91
78 2 473 0 0 475 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
79 676 323 0 0 999 0.68 0.32 0.00 0.00 A 34 0.68
80 535 14 0 0 549 0.97 0.03 0.00 0.00 A 34 0.97
81 0 506 0 0 506 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
82 2 732 0 0 734 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
83 636 367 0 0 1003 0.63 0.37 0.00 0.00 A 25 0.63
84 546 0 0 1 547 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
85 0 0 0 378 378 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
86 2 447 0 3 452 0.00 0.99 0.00 0.01 T 51 0.99
87 635 259 0 0 894 0.71 0.29 0.00 0.00 A 32 0.71
88 627 0 0 0 627 1.00 0.00 0.00 0.00 A 46 1.00
89 322 1 0 0 323 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
90 383 0 0 0 383 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
91 607 0 0 0 607 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
92 0 526 0 0 526 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
93 0 767 0 3 770 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
94 0 245 0 568 813 0.00 0.30 0.00 0.70 C 32 0.70
95 330 0 0 62 392 0.84 0.00 0.00 0.16 A 25 0.84
96 0 0 0 510 510 0.00 0.00 0.00 1.00 C 36 1.00
97 0 162 0 636 798 0.00 0.20 0.00 0.80 C 32 0.80
98 0 471 0 106 577 0.00 0.82 0.00 0.18 T 32 0.82
99 699 258 0 2 959 0.73 0.27 0.00 0.00 A 34 0.73
100 142 0 0 500 642 0.22 0.00 0.00 0.78 C 34 0.78
101 2 0 0 572 574 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
102 465 0 0 2 467 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
103 258 0 2 2 262 0.98 0.00 0.01 0.01 A 58 0.98
104 4 0 0 304 308 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
105 0 0 0 641 641 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
106 252 0 0 144 396 0.64 0.00 0.00 0.36 A 25 0.64
107 36 0 0 468 504 0.07 0.00 0.00 0.93 C 34 0.93
108 288 0 0 69 357 0.81 0.00 0.00 0.19 A 34 0.81
109 562 0 0 0 562 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
110 19 0 0 255 274 0.07 0.00 0.00 0.93 C 58 0.93
111 2 0 0 346 348 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
112 470 121 0 0 591 0.80 0.20 0.00 0.00 A 34 0.80
113 588 4 0 0 592 0.99 0.01 0.00 0.00 A 34 0.99
114 14 394 0 0 408 0.03 0.97 0.00 0.00 T 51 0.97
115 0 116 0 631 747 0.00 0.16 0.00 0.84 C 32 0.84
116 469 0 0 153 622 0.75 0.00 0.00 0.25 A 34 0.75
117 518 0 0 0 518 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
118 52 0 0 349 401 0.13 0.00 0.00 0.87 C 58 0.87
119 513 0 0 1 514 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
120 551 0 0 0 551 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
121 38 0 0 467 505 0.08 0.00 0.00 0.92 C 51 0.92
122 422 0 0 177 599 0.70 0.00 0.00 0.30 A 34 0.70
123 13 0 0 304 317 0.04 0.00 0.00 0.96 C 58 0.96
124 360 0 0 6 366 0.98 0.00 0.00 0.02 A 51 0.98
125 280 0 0 0 280 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
126 531 0 0 0 531 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
127 2 0 0 656 658 0.00 0.00 0.00 1.00 C 61 1.00
128 0 0 0 738 738 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
129 0 0 0 900 900 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
130 0 169 0 793 962 0.00 0.18 0.00 0.82 C 34 0.82
131 0 586 0 176 762 0.00 0.77 0.00 0.23 T 34 0.77
132 0 231 0 882 1113 0.00 0.21 0.00 0.79 C 34 0.79
133 0 0 0 839 839 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
134 0 0 0 737 737 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
135 2 0 0 420 422 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
136 467 0 0 119 586 0.80 0.00 0.00 0.20 A 34 0.80
137 418 0 0 0 418 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
138 677 0 0 0 677 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
139 648 0 0 2 650 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
140 70 0 0 354 424 0.17 0.00 0.00 0.83 C 58 0.83
141 493 0 0 2 495 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
142 301 0 0 0 301 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
143 737 0 0 0 737 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
144 649 0 0 0 649 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
145 20 175 0 406 601 0.03 0.29 0.00 0.68 C 34 0.68
146 3 491 0 2 496 0.01 0.99 0.00 0.00 T 58 0.99
147 757 52 0 0 809 0.94 0.06 0.00 0.00 A 58 0.94
148 642 0 0 2 644 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
149 198 0 0 397 595 0.33 0.00 0.00 0.67 C 32 0.67
150 434 2 0 2 438 0.99 0.00 0.00 0.00 A 51 0.99
151 464 0 14 3 481 0.96 0.00 0.03 0.01 A 58 0.96
152 1 0 0 631 632 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
153 0 0 0 792 792 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
154 0 0 0 772 772 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
155 421 0 0 248 669 0.63 0.00 0.00 0.37 A 25 0.63
156 2 0 0 642 644 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
157 0 0 0 837 837 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
158 2 0 0 448 450 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
159 463 0 0 88 551 0.84 0.00 0.00 0.16 A 51 0.84
160 2 0 0 697 699 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
161 0 0 0 763 763 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
162 0 0 0 688 688 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
163 463 0 0 187 650 0.71 0.00 0.00 0.29 A 34 0.71
164 473 0 0 6 479 0.99 0.00 0.00 0.01 A 58 0.99
165 0 0 0 489 489 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
166 0 3 0 744 747 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
167 0 478 0 162 640 0.00 0.75 0.00 0.25 T 34 0.75
168 2 16 0 744 762 0.00 0.02 0.00 0.98 C 31 0.98
169 381 0 0 223 604 0.63 0.00 0.00 0.37 A 25 0.63
170 28 0 0 455 483 0.06 0.00 0.00 0.94 C 34 0.94
171 457 144 0 0 601 0.76 0.24 0.00 0.00 A 34 0.76
172 37 470 0 0 507 0.07 0.93 0.00 0.00 T 58 0.93
173 678 169 0 0 847 0.80 0.20 0.00 0.00 A 34 0.80
174 621 0 0 0 621 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
175 281 0 0 0 281 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
176 53 0 0 503 556 0.10 0.00 0.00 0.90 C 51 0.90
177 384 0 0 175 559 0.69 0.00 0.00 0.31 A 34 0.69
178 17 0 0 505 522 0.03 0.00 0.00 0.97 C 58 0.97
179 417 0 0 0 417 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
180 530 0 0 0 530 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
181 54 392 0 0 446 0.12 0.88 0.00 0.00 T 58 0.88
182 797 227 0 0 1024 0.78 0.22 0.00 0.00 A 34 0.78
183 532 0 0 113 645 0.82 0.00 0.00 0.18 A 34 0.82
184 5 0 0 654 659 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
185 0 0 0 818 818 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
186 0 6 0 714 720 0.00 0.01 0.00 0.99 C 34 0.99
187 0 535 0 101 636 0.00 0.84 0.00 0.16 T 34 0.84
188 0 246 0 710 956 0.00 0.26 0.00 0.74 C 34 0.74
189 0 391 0 91 482 0.00 0.81 0.00 0.19 T 34 0.81
190 741 18 0 0 759 0.98 0.02 0.00 0.00 A 58 0.98
191 609 0 0 0 609 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
192 7 0 0 555 562 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
193 0 7 0 670 677 0.00 0.01 0.00 0.99 C 34 0.99
194 9 365 0 14 388 0.02 0.94 0.00 0.04 T 58 0.94
195 717 1 0 0 718 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
196 609 0 0 0 609 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
197 593 0 0 0 593 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
198 601 180 0 0 781 0.77 0.23 0.00 0.00 A 34 0.77
199 9 545 0 0 554 0.02 0.98 0.00 0.00 T 58 0.98
200 7 745 0 0 752 0.01 0.99 0.00 0.00 T 58 0.99
201 688 301 0 0 989 0.70 0.30 0.00 0.00 A 34 0.70
202 40 6 0 520 566 0.07 0.01 0.00 0.92 C 34 0.92
203 26 353 0 15 394 0.07 0.90 0.00 0.04 T 58 0.90
204 746 0 0 0 746 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
205 605 0 0 0 605 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
206 495 0 0 125 620 0.80 0.00 0.00 0.20 A 34 0.80
207 0 0 0 596 596 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
208 0 0 0 771 771 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
209 0 161 0 710 871 0.00 0.18 0.00 0.82 C 34 0.82
210 0 599 0 10 609 0.00 0.98 0.00 0.02 T 58 0.98
211 0 852 0 0 852 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
212 16 649 0 0 665 0.02 0.98 0.00 0.00 T 50 0.98
213 626 284 0 0 910 0.69 0.31 0.00 0.00 A 33 0.69

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                42 GAGGGTTA     49
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                57 CCCCCCATACCACTAATTAA     76
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                77 CTAAAAATTCACCTACCAAC     96
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                97 CACAACCAATCAACAACACA    116
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               117 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    136
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               137 CTAACAACCCACCCACCCAA    156
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               157 CCTCACATAAACACAATAAC    176
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               177 CCTCTAACCTAAAATTACTA    196
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               197 AA    198
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:54:18 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                57 CCCCCCATACCACTAATTAA     76
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                77 CTAAAAATTCACCTACCAAC     96
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                97 CACAACCAATCAACAACACA    116
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               117 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    136
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               137 CTAACAACCCACCCACCCAA    156
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               157 CCTCACATAAACACAATAAC    176
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               177 CCTCTAACCTAAAATTACTA    196
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               197 AA    198
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 142 bp

## CCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 142 bp

## CCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the aligned sequence : 30 bp
Minimum identity percentage of alignment : 75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean : 0.9
Direction Sequencing Length Identity Mismatch Indel in DNA reference Indel in sequencing Mean of conversion rates SD of conversion rates Quality Result
Reverse #2 142 91.55 12 0 0 1 0.01 Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result Nucleotides in trimmed sequencing result Positions in reference DNA sequence Nucleotides in reference DNA sequence
63 A 138 G
68 A 143 G
94 A 169 G
114 A 189 G
116 A 191 G
133 A 208 G
142 A 217 G
147 A 222 G
155 A 230 G
161 A 236 G
169 A 244 G
171 A 246 G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number Bisulfite conversion rate Reverse
50 1.00
49 1.00
48 1.00
47 1.00
46 1.00
45 1.00
44 1.00
43 1.00
42 0.99
41 1.00
40 1.00
39 1.00
38 1.00
37 1.00
36 1.00
35 1.00
34 1.00
33 1.00
32 1.00
31 0.97
30 1.00
29 1.00
28 1.00
27 1.00
26 1.00
25 1.00
24 1.00
23 1.00
22 1.00
21 1.00
20 1.00
19 NaN

Forward

Reverse

C number Position in reference DNA Position in sequencing result (trimmed) Position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Bisulfite conversion rate
50 146 71 79 676 323 0 0 1.00
49 150 75 83 636 367 0 0 1.00
48 151 76 84 546 0 0 1 1.00
47 154 79 87 635 259 0 0 1.00
46 156 81 89 322 1 0 0 1.00
45 157 82 90 383 0 0 0 1.00
44 158 83 91 607 0 0 0 1.00
43 166 91 99 699 258 0 2 1.00
42 170 95 103 258 0 2 2 0.99
41 176 101 109 562 0 0 0 1.00
40 184 109 117 518 0 0 0 1.00
39 187 112 120 551 0 0 0 1.00
38 192 117 125 280 0 0 0 1.00
37 204 129 137 418 0 0 0 1.00
36 205 130 138 677 0 0 0 1.00
35 206 131 139 648 0 0 2 1.00
34 209 134 142 301 0 0 0 1.00
33 211 136 144 649 0 0 0 1.00
32 214 139 147 757 52 0 0 1.00
31 218 143 151 464 0 14 3 0.97
30 231 156 164 473 0 0 6 1.00
29 241 166 174 621 0 0 0 1.00
28 247 172 180 530 0 0 0 1.00
27 249 174 182 797 227 0 0 1.00
26 258 183 191 609 0 0 0 1.00
25 262 187 195 717 1 0 0 1.00
24 263 188 196 609 0 0 0 1.00
23 265 190 198 601 180 0 0 1.00
22 268 193 201 688 301 0 0 1.00
21 272 197 205 605 0 0 0 1.00
20 273 198 206 495 0 0 125 1.00
19 274 199 207 0 0 0 596 NaN

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 143 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771149

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGG

Methylation

Combined

CG number Chromosome Start End Methylation Percentage Forward Methylation Percentage Reverse Methylation Percentage Average Methylation Percentage SD
16 chr16 68771143 68771144 NA 0 0 NA
15 chr16 68771138 68771139 NA 0 0 NA
14 chr16 68771112 68771113 NA 0 0 NA
13 chr16 68771092 68771093 NA 0 0 NA
12 chr16 68771090 68771091 NA 0 0 NA
11 chr16 68771073 68771074 NA 0 0 NA
10 chr16 68771064 68771065 NA 0 0 NA
9 chr16 68771059 68771060 NA 0 0 NA
8 chr16 68771051 68771052 NA 0 0 NA
7 chr16 68771045 68771046 NA 0 0 NA
6 chr16 68771037 68771038 NA 0 0 NA
5 chr16 68771035 68771036 NA 0 0 NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number Chromosome Start End G position in reference DNA G position in sequencing result (trimmed) G position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Methylation Percentage
16 chr16 68771143 68771144 138 63 71 329 0 0 0 0
15 chr16 68771138 68771139 143 68 76 346 0 0 0 0
14 chr16 68771112 68771113 169 94 102 465 0 0 2 0
13 chr16 68771092 68771093 189 114 122 422 0 0 177 0
12 chr16 68771090 68771091 191 116 124 360 0 0 6 0
11 chr16 68771073 68771074 208 133 141 493 0 0 2 0
10 chr16 68771064 68771065 217 142 150 434 2 0 2 0
9 chr16 68771059 68771060 222 147 155 421 0 0 248 0
8 chr16 68771051 68771052 230 155 163 463 0 0 187 0
7 chr16 68771045 68771046 236 161 169 381 0 0 223 0
6 chr16 68771037 68771038 244 169 177 384 0 0 175 0
5 chr16 68771035 68771036 246 171 179 417 0 0 0 0

Individual methylation plot

Output data

Directories

Methylation data file preview

CG_nb chromosome start end meth_F meth_R meth_avg meth_sd collection group rep clone alg_coord_start alg_coord_end
16 chr16 68771143 68771144 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
15 chr16 68771138 68771139 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
14 chr16 68771112 68771113 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
13 chr16 68771092 68771093 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
12 chr16 68771090 68771091 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
11 chr16 68771073 68771074 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
10 chr16 68771064 68771065 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
9 chr16 68771059 68771060 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
8 chr16 68771051 68771052 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
7 chr16 68771045 68771046 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
6 chr16 68771037 68771038 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149
5 chr16 68771035 68771036 NA 0 0 NA Low methylated DNA 3 NA 68771007 68771149